自貿區(qū)注冊公司主要有三個方面的好處：一是辦事流程簡化；二是進出口稅收政策優(yōu)惠；三是未來多項金融政策的創(chuàng)新優(yōu)勢。

首先，在辦事流程上，自貿區(qū)有著工商一站式受理三證，注冊資本認繳制等簡化流程和縮短辦理周期的優(yōu)惠措施。如此一來，這其中為創(chuàng)業(yè)者注冊公司節(jié)省了很多時間，進一步降低了注冊公司的門檻。

其次，自貿區(qū)繼承了原本外高橋保稅區(qū)實行的外貿關稅政策，在上海自貿區(qū)內注冊公司，所有的進口貨物可以先不用交關稅(只需要等待貨物離開自貿區(qū)時再交)，而轉口貿易的關稅則全免。上海自貿區(qū)注冊公司，任何商品(除武器、毒品及有污染的物品之外)均可被允許無期限保稅存放或展示，海關不征收任何監(jiān)管費用。自貿區(qū)公司所有的貨幣都可以自由兌換，不用結匯、減少匯率差。而且貨幣可以自由劃轉。這些都是進出口和外資企業(yè)所看好的“重頭戲”。

另外，自貿區(qū)的稅收和退稅比例還實行了“兩免三減半”的政策，即外商投資企業(yè)可享受從獲利年度起2 年免征、3 年減半征收企業(yè)所得稅的待遇。而公司注冊的年和第二年：增值稅返稅率高達16.25%;企業(yè)所得稅返稅率為20% ;營業(yè)稅返稅率為：32%。這些高返稅政策無疑是其他地方所不能比擬的。