三格式化糞池是由三個(gè)相互連通的密封糞池組成，糞便由進(jìn)糞管進(jìn)入池依此順流至第三池，其各池的主要原理：

池主要截留含蟲(chóng)卵較多的糞便，糞便經(jīng)發(fā)酵分解，松散的糞塊因發(fā)酵膨脹而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的糞皮、中層的糞液和下沉的糞渣。利用寄生蟲(chóng)的比重大于糞尿混合液的原理使其自然沉降于化糞池底部。利用糞液的浸泡和翻動(dòng)化解糞塊使其液化并截留糞渣于池底。厭氧發(fā)酵：化糞池的密閉厭氧環(huán)境，可以分解蛋白性有機(jī)物，并產(chǎn)生氨等物質(zhì)，這些物質(zhì)具有殺滅寄生蟲(chóng)卵及病菌的作用。

第二池起進(jìn)一步發(fā)酵、沉淀作用，與池相比，第二池的糞皮和糞渣的數(shù)量減少，因此發(fā)酵分解的程度較低，由于沒(méi)有新糞便的進(jìn)入，糞液處于比較靜止?fàn)顟B(tài)，這有利于漂浮在糞池中的蟲(chóng)卵繼續(xù)下沉。

第三池主要起儲(chǔ)存糞液的作用。經(jīng)前二格處理的糞液進(jìn)入第三池，基本上已經(jīng)不含寄生蟲(chóng)卵和病原微生物，達(dá)到了糞便無(wú)害化要求，可以供農(nóng)田直接施肥。