制藥廠潔凈室工程設計注重節(jié)能、環(huán)保和消防措施。環(huán)境工程貫徹于主體工程同時設計、同時施工、同時投產(chǎn)的“三同時”原則。而項目設計不僅要滿足項目實施的需要，還要同時為企業(yè)的未來發(fā)展留有余地。

具體而言，潔凈空調(diào)系統(tǒng)通常按不同的功能區(qū)設計，基本各功能區(qū)獨立空調(diào)，是工程部運行維護的重點，也通過充分的驗證及BMS/EMS監(jiān)控來保障。

純化水系統(tǒng)中是否一定要配置EDI也可根據(jù)生產(chǎn)需求。此外，壓縮空氣分配系統(tǒng)0.22μm的過濾器的安裝位置，分析結果可為動力房等非潔凈區(qū)用點，該類用點無需經(jīng)過過濾。

冷庫系統(tǒng)方面，生物制藥企業(yè)的冷庫必須保證成品的儲存條件，制冷劑一般設計有兩套切換使用，也相當于有一用一備以確保物料的，物料的轉(zhuǎn)移作為備用方案。

潔凈室墻體厚度的決定也可通過風險分析來定義，潔凈窗采用單層還是雙層需根據(jù)具體要求采用。雖然廢水處理系統(tǒng)是無影響系統(tǒng)，但也會造成生產(chǎn)廢水無法及時排放而影響生產(chǎn)業(yè)務。

潔凈室懸浮微生物法應采用離心式、狹逢式和針孔式等碰擊式采樣器，采樣時間應根據(jù)空氣中微生物濃度來決定，采樣點數(shù)可與測定空氣潔凈度測點數(shù)相同。各種采樣器應按儀器說明書規(guī)定的方法使用。沉降微生物法，應采用直徑９０mm培養(yǎng)皿，在采樣點上沉降３０mm后進行采樣，培養(yǎng)皿少采樣數(shù)應符合表Ｂ.５.２的規(guī)定。

風量罩罩體與風口尺寸相差較大時會造成較大的測量誤差，所以需要用尺寸相近的罩體進行測量。根據(jù)待測風口的尺寸、面積，選擇與風口的面積較接近的風量罩罩體，且罩體的長邊長度不得超過風口的長邊長度的3倍；風口的面積不應小于罩體邊界面積的15%，選擇合適的罩體后，打開測量儀表，檢查儀表正常，使儀表的各項設定滿足使用要求；確定罩體的擺放位置來罩住風口，風口宜位于罩體的中間位置；保證無漏風，觀察儀表的顯示值，待顯示值趨于穩(wěn)定后，讀取風量值，當風口風量較大時，風量罩罩體和測量部分的節(jié)流對風口的阻力會增加造成風量下降較多，為了消除這部分的風口風量較少，需要進行背壓補償。依據(jù)讀取的風量值，考慮是否需要進行背壓補償，當風量值≤1500m3/h時，無需進行背壓補償，所讀風量值即為所測風口的風量值；當風量值>1500 m3/h時，使用背壓補償擋板進行背壓補償，讀取儀表顯示值即為所測的風口補償后風量值。