用地指標單列。目前國土資源部計劃指標單列的只有農(nóng)村建設用地及農(nóng)民住房建設，每年按照不低于5%的比例由地方安排?！锻ㄖ芬?guī)定，城鎮(zhèn)低效用地再開發(fā)試點涉及邊角地、夾心地、插花地等新增建設用地的，要納入土地利用年度計劃，依法辦理用地手續(xù)，或按照城鄉(xiāng)建設用地增減掛鉤政策規(guī)定處理。而此次《意見》要求，鐵路建設綜合開發(fā)所需土地，需要新增建設用地指標的，由國土資源部單列。這是從國家層面上推動鐵路用地綜合開發(fā)，使之不受地方限制。

提出設置空間權，分層出讓。《意見》規(guī)定，利用鐵路用地進行地上、地下空間開發(fā)的，在符合規(guī)劃的前提下，可兼容一定比例其他功能，并可分層設立建設用地使用權。分層設立的建設用地使用權，符合《劃撥用地目錄》的，可按劃撥方式辦理用地手續(xù)；不符合《劃撥用地目錄》的，可按協(xié)議方式辦理有償用地手續(xù)。

2007年《物權法》和2012年《國土資源部關于大力推進節(jié)約集約用地制度建設的意見》，對地役權作出了原則性規(guī)定，提出“鼓勵地上地下空間開發(fā)利用，完善地上地下建設用地使用權配置方式、地價確定、權利設定和登記制度”，但尚缺乏可操作的辦法。此次《意見》允許在土地垂直空間內(nèi)多層規(guī)劃公共交通、住宅、商場、社區(qū)配套甚至是大型綠化，進而以協(xié)議方式分層出讓，有利于拓展土地開發(fā)利用空間。鐵路建設中，這種規(guī)劃和出讓管理方式可以使各種土地功能之間互相加強，減少重復建設，節(jié)約了建設成本，同時也增加了土地收益，值得提倡。