公司注銷困難的原因如下：

類：1、企業(yè)違法，企業(yè)將面臨的處罰 不按時進(jìn)行企業(yè)信息公示，企業(yè)會上工商異常經(jīng)營名錄，并向社會公示。企業(yè)不能辦理變更、注銷、銀行開戶、開網(wǎng)店、進(jìn)駐商城等等

2、不按時進(jìn)行納稅申報，稅務(wù)部門會對企業(yè)進(jìn)行核查

3、不及時申報稅收，稅務(wù)部門將處滯納金、罰款，鎖定業(yè)企業(yè)的功能，以后將不能在開長期不進(jìn)行納稅申報，稅務(wù)進(jìn)黑名單，企業(yè)將被罰款2千至2萬

第二類：企業(yè)嚴(yán)重違法 企業(yè)連續(xù)3年不年報、長期不進(jìn)行納稅申報，營業(yè)執(zhí)照和稅務(wù)登記證將被強(qiáng)制吊銷，企業(yè)法定代表人、股東、董事、監(jiān)事、經(jīng)理等人員身份證信息將全部上黑名單，并且以后將不能辦理貸款買房買車，不能辦理理移民，不能領(lǐng)取養(yǎng)老金，被限制出境，不能再擔(dān)任其它任何公司的法定代表人、董事、執(zhí)行董事、經(jīng)理、監(jiān)事等職務(wù)。