黃蠟石在形成過程中經歷了構造、巖漿、變質等內動力地質作用和風化、剝蝕、搬運、沉積等外動力地質作用。構造作用產生的斷裂將整個巖體分為一塊塊的，墜入山坡、河流中；風化作用改變了原巖的質地、色彩和紋理；長期的水流、風沙給巖石造成沖蝕和吹蝕；巖石在搬運過程中產生的滾動、碰撞，使得巖石的棱角被磨蝕，變得圓潤而光滑或玲瓏多變；氧化作用、交代作用和浸潤作用則形成多種色彩，如鐵的氧化和三價鐵的長期滲透、浸染，使黃蠟石呈現(xiàn)出高貴典雅的黃色。不同的受力作用和過程，產生了黃蠟石不同的表現(xiàn)形態(tài)，原生礦料就是玉石界所稱的“山料”；次生礦料的“山流水”，系石英原巖受地質作用散落在山溝、河床淺表，經長期風化、剝蝕、氧化和礦物元素浸染而成；“籽料”，則是石英原巖受地質作用分裂、滾入河流中，經過長期的水流搬運、沖刷和礦物元素浸染而成。

黃蠟石的原巖均為硅質巖，原巖受到構造變動、火山活動、熱液作用等影響，產生復雜的物理和化學變化，包括重結晶、熱變質等，導致礦物成分及結構構造的變化，后受構造變動的影響，巖石露出地表，與地表酸性土壤環(huán)境長期接觸，或在溪流中長期磨蝕，經歷染色、磨圓，形成河谷中的籽料。