通常設計為三格化糞池，新鮮糞便由廁所管道進入池，池內糞便產(chǎn)生沼氣開始發(fā)酵分解，因比重不同糞便可分為三層，上層為比較濃的糞渣垃圾，下層為塊狀或顆粒狀糞渣，中層為比較清的糞液，在上層糞便和下層糞渣中含和寄生蟲卵多，中層含蟲卵少，初步發(fā)酵的中層糞液經(jīng)過化糞管流到第二格池，第二格池內再化酵分解沉淀后溢流到第三格，第三格池再經(jīng)過沉淀過濾后清水流到下水管道。

貯糞池由二根過糞管連通的三個格室的密封池組成。根據(jù)其主要功能依次可命名為截留沉淀與發(fā)酵池、再次發(fā)酵池和貯糞池。三池之間由過糞管連接。有斜插管及倒U形、倒L形管等，但以斜插管為。過糞管采用內徑為100～150mmPVC塑料管為宜，也可以用水泥預制、陶管等其它材料、要求內壁光滑。為防止堵塞，考慮糞池的大小與流量，可適當增加過糞管的數(shù)量。

化糞池的停留時間是關系污水處理效果和化糞池容積與造價的重要指標。停留時間過短， 則污水處理效果差；停留時間過長，又增加化糞池容積與造價，且布置困難。停留時間的取定，應兼顧污水處理效果與建設造價兩方面因素因考慮到發(fā)酵產(chǎn)生氣泡對沉淀要求的層流狀態(tài)的影響，化糞池流線轉折多對沉淀的不利影響，生活污水排放的瞬時變化大對進水流量均勻的影響，化糞池的停留時間應留有余地?！兑?guī)范》要求：停留時間取12～24小時。實踐證明：停留時間不宜少于12小時，以保證污水處理效果。

按照化糞池的技術標準，化糞池的污泥清掏時間一般為90天、180天、360天，被清掏的污泥可以作為有機肥料，或者進行無害化處置。但是，隨著化肥的廣泛使用，社會的發(fā)展，使用糞便肥料越來越少，與此同時，我國污泥處置行業(yè)嚴重滯后，糞便污泥的無害化處理不足，我國13.6億人每年產(chǎn)生超億噸的糞便污泥，根據(jù)統(tǒng)計局數(shù)據(jù)，2012年無害化處理的糞便污泥只有801.4萬噸。大量糞便污泥的清掏轉移，造成了二次污染。因此，如果不能解決化糞池污泥的無害化處置問題，化糞池污泥就會成為水污染的污染源，化糞池問題是關系水污染治理成效的環(huán)保問題。