以河湖生態(tài)修復總體框架為基礎，河湖生態(tài)修復的主要措施包括河湖生態(tài)空間保護修復、生態(tài)水量保障、水質(zhì)維護與改善、生物棲息地保護修復，以及配套開展監(jiān)測與制度建設等5大領域。
1 河湖生態(tài)空間保護修復
生態(tài)空間是生態(tài)水文過程產(chǎn)生、維持的主要空間場所。保障正常的生態(tài)空間，是保證良性生態(tài)水文過程的關鍵。河湖生態(tài)空間保護修復在強化關鍵空間管控的基礎上，通過退田還湖還濕、河湖濱岸帶治理等措施，維系和改善生態(tài)空間。
（1）河湖生態(tài)空間管控。應結合所在地方的的生態(tài)空間與生態(tài)保護紅線劃定總體安排，結合相關文件要求，圍繞河流、湖泊等水域岸線空間以及涵養(yǎng)水源和保持水土的陸域涉水生態(tài)空間，提出相應的空間范圍，劃定水生態(tài)空間及其相應的生態(tài)保護紅線，開展相應的管控。
（2）退田還湖還濕。侵占河湖水域岸線空間，將導致河道水生態(tài)空間被侵占和湖泊水面持續(xù)萎縮，生態(tài)系統(tǒng)服務功能嚴重受損，影響區(qū)域防洪的河流、湖泊。針對圍湖造田、圍湖養(yǎng)殖、違章建筑、經(jīng)濟林等侵占方式，應開展退耕、退漁、退垸還湖還濕，以及因地制宜實施人口搬遷等相應措施。
（3）河湖濱岸帶生態(tài)治理。圍繞河湖濱岸帶硬化、渠化、直化，影響水生態(tài)系統(tǒng)健康問題，要以恢復空間異質(zhì)性為核心，開展濱河（湖）植被緩沖帶建設和河湖內(nèi)外生態(tài)濕地建設等，以改善河流景觀格局。
2 生態(tài)水量保障
以保障生態(tài)用水需求、改善河湖水動力條件、恢復生態(tài)水文過程為目標，通過采取水源涵養(yǎng)與水土保持、生態(tài)補水、城鄉(xiāng)節(jié)水等措施，實現(xiàn)從源頭保水、過程調(diào)水到用戶節(jié)水全過程的生態(tài)需水保障。
（1）水源涵養(yǎng)與水土保持。以江河源頭區(qū)、生態(tài)脆弱區(qū)、重要水源涵養(yǎng)區(qū)等區(qū)域為重點，結合區(qū)域自然條件，開展以封育自然修復和人工林草建設相結合的保護措施。針對水土流失嚴重區(qū)，應以小流域為單元，開展林草措施、耕作措施、工程措施相結合的水土保持措施。
（2）生態(tài)補水。重點針對天然來水減少情況顯著，并在實施強化節(jié)水情況下仍難以滿足河湖生態(tài)環(huán)境用水需求的區(qū)域，通過實施合理的生態(tài)調(diào)度，輔以必要的水系連通工程，實施河湖生態(tài)補水。
（3）城鄉(xiāng)節(jié)水。按照國家節(jié)水行動、鄉(xiāng)村振興戰(zhàn)略等要求，從工業(yè)、農(nóng)業(yè)、城鎮(zhèn)生活等方面，開展節(jié)水行動。對于農(nóng)業(yè)節(jié)水，要在保障糧食的前提下，因地制宜開展節(jié)水改造、種植結構調(diào)整、退減灌溉面積等措施。
3 生物棲息地保護修復
按照構建生態(tài)廊道、保護生物多樣性保護的總體要求，圍繞瀕危保護魚類的產(chǎn)卵場、索餌場及越冬場等生物棲息地，以及受損重要生物棲息地，結合河湖濱岸帶治理，開展棲息地生態(tài)系統(tǒng)恢復和河床底質(zhì)多樣性保護修復。棲息地生態(tài)系統(tǒng)恢復通過配置喬、灌、草相結合的植被群落，構建寬度適宜的植被緩沖帶。河床底質(zhì)多樣性保護修復通過保持或恢復泥質(zhì)、石質(zhì)和沙質(zhì)等自然形態(tài)，營造有利于水生植物生長、底棲動物和魚類的覓食與繁殖的自然環(huán)境。
4 水質(zhì)改善與維護
按照實施流域環(huán)境綜合治理的總體要求，通過實施飲用水水源地保護、點源面源綜合治理和河湖內(nèi)源綜合治理等措施，加大對飲用水源地的保護，強化對受污染水體的防治，開展對陸域污染源到河道內(nèi)源污染進行全過程治理。
（1）飲用水水源地保護。對于未劃定保護區(qū)或已劃定保護區(qū)未采取隔離防護措施的飲用水水源地，應按照飲用水水源地規(guī)范化建設要求，開展水源地保護區(qū)劃定、隔離警示防護、污染源搬遷或取締、水源涵養(yǎng)和修復措施等措施。
（2）點源和面源綜合治理。對于水質(zhì)較差的河湖，應結合各地水污染防治行動計劃、生態(tài)環(huán)境保護規(guī)劃等要求，開展點源、面源治理。對于富營養(yǎng)化問題突出，面源污染較為嚴重的湖泊，應結合污染物攔截凈化措施，加強農(nóng)村農(nóng)業(yè)面源污染治理。
（3）河湖內(nèi)源綜合治理。針對內(nèi)源污染嚴重的湖泊（河流），應實施湖泊（河流）生態(tài)清淤工程、湖泊生態(tài)凈化、船舶污染控制等措施。針對圍網(wǎng)養(yǎng)殖污染嚴重的湖泊，應實施圍網(wǎng)養(yǎng)殖清理、生態(tài)綠色養(yǎng)殖等措施。
5 監(jiān)測與制度建設
圍繞推進生態(tài)環(huán)境監(jiān)管體制建設的總體部署，以水生態(tài)可持續(xù)健康發(fā)展為目標，通過對河湖管理制度、水生態(tài)保護補償、河湖生態(tài)監(jiān)測能力等方面的建設，建立健全重點區(qū)域水生態(tài)保護和修復的長效管理體制機制。
（1）河湖管理制度建設。從落實嚴格水資源管理制度、河長制湖長制、水流產(chǎn)權確權、水域空間用途管制、河流湖泊休養(yǎng)生息制度、責任考核機制等方面，制定有關河流管理制度建設措施。
（2）水流生態(tài)保護補償機制建設。重點針對水生態(tài)空間占用補償、飲用水水源地保護補償、水源涵養(yǎng)區(qū)保護補償?shù)葯C制建設，結合流域?qū)嶋H情況，圍繞市場化、多元化方向，重點推進流域上下游橫向補償機制建設。
（3）監(jiān)控能力建設。按照構建完善水資源、水生態(tài)環(huán)境監(jiān)測預警能力的要求，從完善現(xiàn)有用水計量、完善水文及水生態(tài)環(huán)境監(jiān)測站網(wǎng)布局，提升監(jiān)測自動化水平等方面，加強有關監(jiān)控能力建設任務。