茅臺酒的酒窖建設也頗有講究。從窖址選地、窖區(qū)走向、空間高度，到窖內(nèi)溫濕度控制、透氣性能，以及酒甕的形式、容量、甕口泥封的技術等，都極為嚴格。這些都是關系到成品酒的再熟化、香氣純度再提高的關鍵。酒窖里每天要有人檢查，開關透氣孔，控制溫濕度。

茅臺酒工藝中的三高是指茅臺酒生產(chǎn)工藝的高溫制曲、高溫堆積發(fā)酵、高溫餾酒。茅臺酒大曲在發(fā)酵過程中溫度高達63℃，比其它任何名白酒的制曲發(fā)酵溫度都高10－15℃；在整個大曲發(fā)酵過程中可優(yōu)選環(huán)境微生物種類，后形成以耐高溫產(chǎn)香的微生物體系，在制曲過程中首先做到了趨利避害之功效。

茅臺酒大曲貯存時間長達6個月才能流入制曲生產(chǎn)使用，比其它白酒多存3－4個月，這對提高茅臺酒基酒質(zhì)量具有重要作用，而且大曲用量大，是其它白酒的4－5倍。茅臺酒一般需要長達三年以上貯存才能勾兌，通過貯存可趨利避害，使酒體更醇香味美，加上茅臺酒高沸點物質(zhì)豐富，更能體現(xiàn)茅臺酒的價值，這是其它香型白酒不具有的特點。

裝茅臺酒用的酒瓶，初是用本地生產(chǎn)的缸甕，從清朝咸豐年間起，改用底小、口小、肚大的陶質(zhì)壇形酒瓶，有裝0.5公斤、1公斤和1.5公斤的型號。后曾一度改為微扁長方形酒瓶。民國四年（1915年）以后，改用圓柱形、體小嘴長的黃色陶質(zhì)釉瓶。建國后，才改為白色陶瓷瓶和人們見到的乳白色避光玻璃瓶，古色古香，樸實大方。