過濾系統(tǒng)包括兩方面，一方面是生化過濾，另一方面是物理過濾。

生化過濾：是以培養(yǎng)為主的過濾方式。

我們常見的就是水妖精(氣動式過濾器)以及上流行的氣舉。其原理就是以多孔隙的濾材上形成高氧區(qū)、水流體，用以培養(yǎng)硝化。

物理過濾：是以抽取缸中肉眼可見廢物。

通過較致密的過濾物，也就是我們常用的過濾棉，用以阻斷大顆粒的廢物再次回到缸內。物理過濾過程中也包含有生化過濾過程，因為過濾棉上也會培養(yǎng)硝化生長。常見的就是上濾。

氣動式過濾：在此種過濾系統(tǒng)中比較有名的應該算是惠宏產(chǎn)的水妖精，原理是利用氣舉使水流入過濾體(生化棉、過濾棉)中，進行生物過濾過程。過濾效果還算可以，但是一般須要配合上濾等物理過濾系統(tǒng)使用。多用于小型的繁殖缸、孔雀、短鯛等較少量、小型的魚缸內。

魚缸里面的水因為大量喂食、排析物和魚身上的分秘物的產(chǎn)生，會有越來越多的有機物質積累，這些有機質廢物會凝聚、附著在缸壁上，而大量的都懸浮在水中或沉于底砂上。由于水溫高，有機物會加快腐敗，導致混濁度增加，水質變壞，溶氧量明顯降低，氨及硝酸鹽大量增加，水會變得十分渾濁，魚在這樣的水中生活極易得病，甚到死亡。在魚缸中建成一個生態(tài)過濾系統(tǒng)，進行有效的生態(tài)過濾，將有機質分解，就可以減少這些附著物的產(chǎn)生，不僅將水中的固體廢物過濾清除，使水體變得十分清澈，水質穩(wěn)定，還可以有效減少魚病的發(fā)生。

魚缸不大，養(yǎng)魚過多或者是過濾器的功率小，不能完全過濾污物，綠藻生長也會很快。

喂食過多，魚吃不完飼料，飼料在水中腐爛，水質過度營養(yǎng)化，使水中更快積累氨等物質，經(jīng)過硝化，會轉換成硝酸鹽，硝酸鹽是水草和水藻的重要肥料，水中含有很多硝酸鹽的話，水藻也會狂長。