按照化糞池的技術標準，化糞池的污泥清掏時間一般為90天、180天、360天，被清掏的污泥可以作為有機肥料，或者進行無害化處置。但是，隨著化肥的廣泛使用，社會的發(fā)展，使用糞便肥料越來越少，與此同時，我國污泥處置行業(yè)嚴重滯后，糞便污泥的無害化處理不足，我國13.6億人每年產生超億噸的糞便污泥，根據統(tǒng)計局數據，2012年無害化處理的糞便污泥只有801.4萬噸。大量糞便污泥的清掏轉移，造成了二次污染。因此，如果不能解決化糞池污泥的無害化處置問題，化糞池污泥就會成為水污染的污染源，化糞池問題是關系水污染治理成效的環(huán)保問題。

三相分離化糞池技術是在傳統(tǒng)化糞池的基礎上，保留了化糞池中泥水混合的優(yōu)點，增加了“污水、污泥、消化氣”三相分離的技術，在化糞池的出水端設置三相分離裝置，使出水端的污泥、消化氣與污水處理過程分離，避免氣浮現象對污水處理的干擾。出水端的沉淀槽參照平流沉淀池技術標準，污水沉淀時間2小時之內。

通常設計為三格化糞池，新鮮糞便由廁所管道進入池，池內糞便產生沼氣開始發(fā)酵分解，因比重不同糞便可分為三層，上層為比較濃的糞渣垃圾，下層為塊狀或顆粒狀糞渣，中層為比較清的糞液，在上層糞便和下層糞渣中含和寄生蟲卵多，中層含蟲卵少，初步發(fā)酵的中層糞液經過化糞管流到第二格池，第二格池內再化酵分解沉淀后溢流到第三格，第三格池再經過沉淀過濾后清水流到下水管道。

三格式化糞池是由三個相互連通的密封糞池組成，糞便由進糞管進入池依此順流至第三池，其各池的主要原理：

池：主要截留含蟲卵較多的糞便，糞便經發(fā)酵分解，松散的糞塊因發(fā)酵膨脹而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的糞皮、中層的糞液和下沉的糞渣。利用寄生蟲的比重大于糞尿混合液的原理使其自然沉降于化糞池底部。利用糞液的浸泡和翻動化解糞塊使其液化并截留糞渣于池底。厭氧發(fā)酵：化糞池的密閉厭氧環(huán)境，可以分解蛋白性有機物，并產生氨等物質，這些物質具有殺滅寄生蟲卵及病菌的作用。

第二池：起進一步發(fā)酵、沉淀作用，與池相比，第二池的糞皮和糞渣的數量減少，因此發(fā)酵分解的程度較低，由于沒有新糞便的進入，糞液處于比較靜止狀態(tài)，這有利于漂浮在糞池中的蟲卵繼續(xù)下沉。

第三池：主要起儲存糞液的作用。經前二格處理的糞液進入第三池，基本上已經不含寄生蟲卵和病原微生物，達到了糞便無害化要求，可以供農田直接施肥。