每個人都有兩套遺傳信息，一套來自父親，一套來自母親。每個基因座上的兩個等位基因也分別來自父親和母親。確定孩子的一個等位基因來自母親后，另一個等位基因就必然來自其生父（生父基因）。疑似父親并不帶有這個生父基因的情況下，就可以排除他是孩子的生父。檢查的遺傳標記越多，非生物學父親被排除的概率也就越大。
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