高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，對近三年的研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進(jìn)行審計，出具審計專項(xiàng)報告。該報告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審使用。提供給科委、財政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會等相關(guān)。

無論是研究開發(fā)費(fèi)用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))，在專項(xiàng)審計中都涉及高新技術(shù)的識別。注冊會計師不是高新技術(shù)領(lǐng)域的專家，《專項(xiàng)審計指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當(dāng)界定研究開發(fā)項(xiàng)目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))的具體范圍是申報企業(yè)的責(zé)任。

(2)申報企業(yè)技術(shù)負(fù)責(zé)人與企業(yè)法定代表人、財務(wù)負(fù)責(zé)人共同簽署《管理當(dāng)局聲明書》。

但《專項(xiàng)審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應(yīng)當(dāng)清楚地說明向具體審計領(lǐng)域調(diào)配的資源，包括就復(fù)雜的研究開發(fā)項(xiàng)目技術(shù)問題利用專家的工作。

要求識別和評估申報明細(xì)表層次以及各類交易、列報認(rèn)定層次的重大錯報風(fēng)險。申報明細(xì)表層次重大錯報風(fēng)險需要從整體上加以判斷，比如，申報企業(yè)不能提供研究開發(fā)項(xiàng)目的相關(guān)計劃與實(shí)施方案、研究開發(fā)記錄，申報明細(xì)表整體上就可能存在重大錯報風(fēng)險。申報明細(xì)表層次重大錯報風(fēng)險很可能源于薄弱的控制環(huán)境，特別是凌駕于內(nèi)部控制制度之上時，很可能偽造或篡改編制申報明細(xì)表所依據(jù)的會計記錄或相關(guān)文件。

1.申請企業(yè)自主選擇第三方審計機(jī)構(gòu)委托業(yè)務(wù)(基于對審計機(jī)構(gòu)業(yè)務(wù)資質(zhì)、服務(wù)團(tuán)隊、客戶口碑的充分了解)；

2.審計代理公司與申請公司進(jìn)行初步溝通了解，確定企業(yè)的審計目的和范圍，再由審計公司對申請企業(yè)的審計風(fēng)險進(jìn)行專業(yè)評估；

3.評估通過后，雙方簽訂正式的審計服務(wù)協(xié)議，明確審計費(fèi)用、雙方的權(quán)利和責(zé)任，并進(jìn)行初步數(shù)據(jù)交接；

4.審計代理公司應(yīng)當(dāng)成立專門的項(xiàng)目組，向受委托企業(yè)發(fā)放高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計所需材料清單；

5.申請人應(yīng)根據(jù)資料清單準(zhǔn)備相關(guān)審核材料；

6.審計代理公司審計工作組根據(jù)企業(yè)數(shù)據(jù)制定高新技術(shù)企業(yè)具體審計工作方案，為審計工作的實(shí)施打下良好基礎(chǔ)；

7.與被審計企業(yè)確定現(xiàn)場審計時間并出具審計通知書；

8.審核員進(jìn)入現(xiàn)場，審核企業(yè)提供的審核資料，對期間發(fā)現(xiàn)的審核問題進(jìn)行詳細(xì)記錄，形成審核工作底稿；

9.審核審計工作底稿，并在此基礎(chǔ)上形成初步意見；

10.與被審計企業(yè)交換審計意見；

11.在雙方一致同意的基礎(chǔ)上，為高新技術(shù)企業(yè)出具專項(xiàng)審計報告。