高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，對(duì)近三年的研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進(jìn)行審計(jì)，出具審計(jì)專項(xiàng)報(bào)告。該報(bào)告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審使用。提供給科委、財(cái)政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會(huì)等相關(guān)。

高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)工作從業(yè)務(wù)承接到完成通常要經(jīng)過以下步驟：

1、會(huì)計(jì)師事務(wù)所和高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)單位進(jìn)行初步溝通了解，確定高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)目的、審計(jì)范圍、審計(jì)收費(fèi)等；并簽訂業(yè)務(wù)約定書；

2、會(huì)計(jì)師事務(wù)所安排項(xiàng)目組，下發(fā)委托方高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)準(zhǔn)備的資料清單；

3、被審高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)單位按照資料清單準(zhǔn)備相關(guān)審計(jì)資料，并確定現(xiàn)場(chǎng)審計(jì)時(shí)間。

4、現(xiàn)場(chǎng)審計(jì)階段；

5、審計(jì)情況匯總和形成審計(jì)報(bào)告初稿；

6、與被審高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)單位交換意見；

7 、出具正式審計(jì)報(bào)告。

申報(bào)明細(xì)表又區(qū)別于年度財(cái)務(wù)報(bào)表。企業(yè)近三個(gè)會(huì)計(jì)年度研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表是按照《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法》和《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作指引》編制的，其列報(bào)的數(shù)據(jù)可以直接反映出企業(yè)是否滿足認(rèn)定條件。

無(wú)論是研究開發(fā)費(fèi)用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))，在專項(xiàng)審計(jì)中都涉及高新技術(shù)的識(shí)別。注冊(cè)會(huì)計(jì)師不是高新技術(shù)領(lǐng)域的專家，《專項(xiàng)審計(jì)指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當(dāng)界定研究開發(fā)項(xiàng)目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))的具體范圍是申報(bào)企業(yè)的責(zé)任。

(2)申報(bào)企業(yè)技術(shù)負(fù)責(zé)人與企業(yè)法定代表人、財(cái)務(wù)負(fù)責(zé)人共同簽署《管理當(dāng)局聲明書》。

但《專項(xiàng)審計(jì)指引》也規(guī)定，制定總體審計(jì)策略時(shí)，應(yīng)當(dāng)清楚地說明向具體審計(jì)領(lǐng)域調(diào)配的資源，包括就復(fù)雜的研究開發(fā)項(xiàng)目技術(shù)問題利用專家的工作。