高新技術(shù)企業(yè)專項審計，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，對近三年的研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進(jìn)行審計，出具審計專項報告。該報告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審使用。提供給科委、財政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會等相關(guān)。

無論是研究開發(fā)費(fèi)用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))，在專項審計中都涉及高新技術(shù)的識別。注冊會計師不是高新技術(shù)領(lǐng)域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當(dāng)界定研究開發(fā)項目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))的具體范圍是申報企業(yè)的責(zé)任。

(2)申報企業(yè)技術(shù)負(fù)責(zé)人與企業(yè)法定代表人、財務(wù)負(fù)責(zé)人共同簽署《管理當(dāng)局聲明書》。

但《專項審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應(yīng)當(dāng)清楚地說明向具體審計領(lǐng)域調(diào)配的資源，包括就復(fù)雜的研究開發(fā)項目技術(shù)問題利用專家的工作。

要求識別和評估申報明細(xì)表層次以及各類交易、列報認(rèn)定層次的重大錯報風(fēng)險。申報明細(xì)表層次重大錯報風(fēng)險需要從整體上加以判斷，比如，申報企業(yè)不能提供研究開發(fā)項目的相關(guān)計劃與實施方案、研究開發(fā)記錄，申報明細(xì)表整體上就可能存在重大錯報風(fēng)險。申報明細(xì)表層次重大錯報風(fēng)險很可能源于薄弱的控制環(huán)境，特別是凌駕于內(nèi)部控制制度之上時，很可能偽造或篡改編制申報明細(xì)表所依據(jù)的會計記錄或相關(guān)文件。

對于市場中的企業(yè)來說，其大多知曉企業(yè)申請成為高新技術(shù)企業(yè)的重要意義。并且，企業(yè)申請成為高新技術(shù)企業(yè)，具備諸多好處和優(yōu)勢。因此，很多符合條件和要求的企業(yè)，都會有著申請成為高新技術(shù)企業(yè)的意愿與訴求。而這，就需要開展高新技術(shù)企業(yè)審計。