高新技術(shù)企業(yè)認定審計肯定是在高新技術(shù)企業(yè)的基礎(chǔ)上才能去操作的，所以，想要申報高新技術(shù)企業(yè)認定審計，首先需要認定企業(yè)為高新技術(shù)企業(yè)。一定要先認定為高新技術(shù)企業(yè)，才能申報高新技術(shù)企業(yè)認定審計。

高新技術(shù)企業(yè)專項審計，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認定辦法相關(guān)規(guī)定，對近三年的研發(fā)費用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進行審計，出具審計專項報告。該報告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審使用。提供給科委、財政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會等相關(guān)。

無論是研究開發(fā)費用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))，在專項審計中都涉及高新技術(shù)的識別。注冊會計師不是高新技術(shù)領(lǐng)域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當(dāng)界定研究開發(fā)項目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))的具體范圍是申報企業(yè)的責(zé)任。

(2)申報企業(yè)技術(shù)負責(zé)人與企業(yè)法定代表人、財務(wù)負責(zé)人共同簽署《管理當(dāng)局聲明書》。

但《專項審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應(yīng)當(dāng)清楚地說明向具體審計領(lǐng)域調(diào)配的資源，包括就復(fù)雜的研究開發(fā)項目技術(shù)問題利用專家的工作。

在財務(wù)報表審計中，一般不專門提及與高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出相關(guān)的內(nèi)部控制?！秾ｍ棇徲嬛敢窂娬{(diào)研究開發(fā)費用控制通常屬于申報企業(yè)費用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會計師在對研究開發(fā)費用控制進行了解時，需要考慮那些影響研究開發(fā)費用完整性、發(fā)生、準(zhǔn)確性和分類的控制點。同時，《專項審計指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務(wù)流程通?？赡馨ǖ闹饕顒?，如立項和預(yù)算管理、人員管理、材料和設(shè)備管理以及結(jié)項管理等。