高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，對(duì)近三年的研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進(jìn)行審計(jì)，出具審計(jì)專項(xiàng)報(bào)告。該報(bào)告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審使用。提供給科委、財(cái)政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會(huì)等相關(guān)。

高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)工作從業(yè)務(wù)承接到完成通常要經(jīng)過(guò)以下步驟：

1、會(huì)計(jì)師事務(wù)所和高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)單位進(jìn)行初步溝通了解，確定高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)目的、審計(jì)范圍、審計(jì)收費(fèi)等；并簽訂業(yè)務(wù)約定書(shū)；

2、會(huì)計(jì)師事務(wù)所安排項(xiàng)目組，下發(fā)委托方高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)準(zhǔn)備的資料清單；

3、被審高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)單位按照資料清單準(zhǔn)備相關(guān)審計(jì)資料，并確定現(xiàn)場(chǎng)審計(jì)時(shí)間。

4、現(xiàn)場(chǎng)審計(jì)階段；

5、審計(jì)情況匯總和形成審計(jì)報(bào)告初稿；

6、與被審高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)單位交換意見(jiàn)；

7 、出具正式審計(jì)報(bào)告。

要求識(shí)別和評(píng)估申報(bào)明細(xì)表層次以及各類交易、列報(bào)認(rèn)定層次的重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)。申報(bào)明細(xì)表層次重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)需要從整體上加以判斷，比如，申報(bào)企業(yè)不能提供研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目的相關(guān)計(jì)劃與實(shí)施方案、研究開(kāi)發(fā)記錄，申報(bào)明細(xì)表整體上就可能存在重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)。申報(bào)明細(xì)表層次重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)很可能源于薄弱的控制環(huán)境，特別是凌駕于內(nèi)部控制制度之上時(shí)，很可能偽造或篡改編制申報(bào)明細(xì)表所依據(jù)的會(huì)計(jì)記錄或相關(guān)文件。

基于申請(qǐng)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的目的，申報(bào)企業(yè)通常將近三個(gè)會(huì)計(jì)年度研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表的專項(xiàng)審計(jì)同時(shí)委托給一家會(huì)計(jì)師事務(wù)所，《專項(xiàng)審計(jì)指引》要求，針對(duì)研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表分別出具專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告。