不論企業(yè)以前年度財(cái)務(wù)報(bào)表是否委托注冊會計(jì)師進(jìn)行審計(jì)，還是專項(xiàng)審計(jì)與年度財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)是否為同一家會計(jì)師事務(wù)所承接，專項(xiàng)審計(jì)都可以按照《專項(xiàng)審計(jì)指引》獨(dú)立實(shí)施審計(jì)程序。如果結(jié)合以前年度財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)，確定的重要性水平應(yīng)當(dāng)?shù)陀谙鄳?yīng)財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)的重要性水平，確定審計(jì)范圍時應(yīng)當(dāng)考慮擬利用以前年度財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)工作中獲取的審計(jì)證據(jù)的程度。需要注意的是，應(yīng)當(dāng)結(jié)合具體環(huán)境考慮重要性的性質(zhì)和數(shù)量兩方面的因素。

無論是研究開發(fā)費(fèi)用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))，在專項(xiàng)審計(jì)中都涉及高新技術(shù)的識別。注冊會計(jì)師不是高新技術(shù)領(lǐng)域的專家，《專項(xiàng)審計(jì)指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當(dāng)界定研究開發(fā)項(xiàng)目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))的具體范圍是申報(bào)企業(yè)的責(zé)任。

(2)申報(bào)企業(yè)技術(shù)負(fù)責(zé)人與企業(yè)法定代表人、財(cái)務(wù)負(fù)責(zé)人共同簽署《管理當(dāng)局聲明書》。

但《專項(xiàng)審計(jì)指引》也規(guī)定，制定總體審計(jì)策略時，應(yīng)當(dāng)清楚地說明向具體審計(jì)領(lǐng)域調(diào)配的資源，包括就復(fù)雜的研究開發(fā)項(xiàng)目技術(shù)問題利用專家的工作。

與高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入相關(guān)的內(nèi)部控制包含在企業(yè)產(chǎn)品或服務(wù)的銷售控制中，而如高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入與研究開發(fā)激勵或與銷售獎勵相關(guān)聯(lián)時，企業(yè)一般會設(shè)計(jì)或增加相應(yīng)的控制環(huán)節(jié)。注冊會計(jì)師審計(jì)時，需要了解申報(bào)企業(yè)能否確保銷售均已準(zhǔn)確記錄并對高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))進(jìn)行恰當(dāng)分類。

高新審計(jì)依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，企業(yè)申請高新認(rèn)定，需要對近三年的財(cái)務(wù)狀況、研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入情況進(jìn)行審計(jì)，出具審計(jì)專項(xiàng)報(bào)告和年度審計(jì)報(bào)告。

會計(jì)師會結(jié)合企業(yè)情況，給出一份準(zhǔn)備材料的清單。主要是企業(yè)的資產(chǎn)負(fù)債表、損益表、總賬、明細(xì)賬、科目余額表(到末級科目)、財(cái)務(wù)憑證、公司的執(zhí)照、章程等等。