高新技術企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經(jīng)營不滿三年的按實際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產(chǎn)品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

不論企業(yè)以前年度財務報表是否委托注冊會計師進行審計，還是專項審計與年度財務報表審計是否為同一家會計師事務所承接，專項審計都可以按照《專項審計指引》獨立實施審計程序。如果結合以前年度財務報表審計，確定的重要性水平應當?shù)陀谙鄳攧請蟊韺徲嫷闹匾运剑_定審計范圍時應當考慮擬利用以前年度財務報表審計工作中獲取的審計證據(jù)的程度。需要注意的是，應當結合具體環(huán)境考慮重要性的性質(zhì)和數(shù)量兩方面的因素。

在財務報表審計中，一般不專門提及與高新技術研究開發(fā)費用支出相關的內(nèi)部控制。《專項審計指引》強調(diào)研究開發(fā)費用控制通常屬于申報企業(yè)費用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會計師在對研究開發(fā)費用控制進行了解時，需要考慮那些影響研究開發(fā)費用完整性、發(fā)生、準確性和分類的控制點。同時，《專項審計指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務流程通?？赡馨ǖ闹饕顒?，如立項和預算管理、人員管理、材料和設備管理以及結項管理等。

對于市場中的企業(yè)來說，其大多知曉企業(yè)申請成為高新技術企業(yè)的重要意義。并且，企業(yè)申請成為高新技術企業(yè)，具備諸多好處和優(yōu)勢。因此，很多符合條件和要求的企業(yè)，都會有著申請成為高新技術企業(yè)的意愿與訴求。而這，就需要開展高新技術企業(yè)審計。