高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項(xiàng)審計(jì)，是指注冊會計(jì)師接受擬向有關(guān)部門申請進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計(jì)年度(實(shí)際經(jīng)營不滿三年的按實(shí)際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一個會計(jì)年度的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表進(jìn)行審計(jì)，并出具專項(xiàng)審計(jì)報告。

高新技術(shù)企業(yè)是指在《國家重點(diǎn)支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》內(nèi)，持續(xù)進(jìn)行研究開發(fā)與技術(shù)成果轉(zhuǎn)化，形成企業(yè)核心自主知識產(chǎn)權(quán)，并以此為基礎(chǔ)開展經(jīng)營活動，在中國境內(nèi)(不包括港、澳、臺地區(qū))注冊一年以上的居民企業(yè)。它是知識密集、技術(shù)密集的經(jīng)濟(jì)實(shí)體。

與高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入相關(guān)的內(nèi)部控制包含在企業(yè)產(chǎn)品或服務(wù)的銷售控制中，而如高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入與研究開發(fā)激勵或與銷售獎勵相關(guān)聯(lián)時，企業(yè)一般會設(shè)計(jì)或增加相應(yīng)的控制環(huán)節(jié)。注冊會計(jì)師審計(jì)時，需要了解申報企業(yè)能否確保銷售均已準(zhǔn)確記錄并對高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))進(jìn)行恰當(dāng)分類。

基于申請高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的目的，申報企業(yè)通常將近三個會計(jì)年度研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表的專項(xiàng)審計(jì)同時委托給一家會計(jì)師事務(wù)所，《專項(xiàng)審計(jì)指引》要求，針對研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表分別出具專項(xiàng)審計(jì)報告。