有些代理記賬公司沒有與委托單位簽訂正式的委托代理合同，對雙方的權(quán)利、義務(wù)缺少明確的規(guī)定，在實際工作中遇到異議時，往往無法分清責(zé)任。因此在選擇代賬公司的時候，企業(yè)就要更加謹(jǐn)慎。

財務(wù)軟件需要到財政局備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用財政部批準(zhǔn)的財務(wù)軟件來替代手工記賬。

會計資料交接麻煩、不夠規(guī)范。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續(xù)，發(fā)現(xiàn)遺失或毀損時無法查找。

會計核算方面尚存在許多不規(guī)范之處，一些會計核算未能以權(quán)責(zé)發(fā)生制為基礎(chǔ)，對所代理公司未按《公司法》計提法定公積金、法定公益金的現(xiàn)象也較普遍，代理編制的年度財務(wù)會計報告都只有基本會計報表，均未按制度規(guī)定的要求提供會計報表附注的內(nèi)容等。

代理記賬機構(gòu)及其從業(yè)人員的義務(wù)：

（1）按照委托合同辦理代理記賬業(yè)務(wù)，遵守有關(guān)法律、行政法規(guī)和國家統(tǒng)一的會計制度的規(guī)定；

（2）對在執(zhí)行業(yè)務(wù)中知悉的商業(yè)秘密應(yīng)當(dāng)保密；

（3）對委托人示意其作出不當(dāng)?shù)臅嬏幚恚峁┎粚嵉臅嬞Y料，以及其他不符合法律、行政法規(guī)和國家統(tǒng)一的會計制度規(guī)定的要求，應(yīng)當(dāng)拒絕；

（4）對委托人提出的有關(guān)會計處理原則問題應(yīng)當(dāng)予以解釋。