據(jù)醫(yī)院官網(wǎng)2015年12月信息顯示，醫(yī)院設(shè)置165個臨床、醫(yī)技科室，233個護(hù)理單元，擁有8個國家重點學(xué)科、1個國家重點實驗室、20個省部級及全軍重點實驗室、33個全軍醫(yī)學(xué)專科中心和研究所，形成了以綜合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。同時是全軍重癥監(jiān)護(hù)示范基地和中華護(hù)理學(xué)會的培訓(xùn)基地。設(shè)有國際醫(yī)學(xué)中心和健康醫(yī)學(xué)中心，提供高端預(yù)防保健服務(wù)。醫(yī)院年門急診量490余萬人，收容19.8萬人，手術(shù)近9萬例。

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2019年7月由科技部、國家衛(wèi)生健康委、軍委后勤保障部和原食品藥品監(jiān)管總局正式批準(zhǔn)依托解放軍總醫(yī)院第五醫(yī)學(xué)中心成立國家感染性疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心。研究中心整合國內(nèi)79家協(xié)作醫(yī)院，針對慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相關(guān)疾病等病種，建立病程涵蓋臨床各個階段的大隊列，同時建立標(biāo)準(zhǔn)化的生物樣本庫、臨床診療信息庫及的疾病發(fā)病追蹤系統(tǒng)，形成涵蓋重大感染性疾病及各個病程的資源平臺，終建立我國規(guī)范的病毒性肝炎、艾滋病臨床大數(shù)據(jù)及生物樣本庫整合平臺，形成專業(yè)的管理團(tuán)隊，為建立符合我國人群特點的肝病、艾滋病診療體系提供重要戰(zhàn)略性資源。