據(jù)醫(yī)院官網(wǎng)2015年12月信息顯示，醫(yī)院設置165個臨床、醫(yī)技科室，233個護理單元，擁有8個國家重點學科、1個國家重點實驗室、20個省部級及全軍重點實驗室、33個全軍醫(yī)學?？浦行暮脱芯克纬闪艘跃C合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。同時是全軍重癥監(jiān)護示范基地和中華護理學會的培訓基地。設有國際醫(yī)學中心和健康醫(yī)學中心，提供高端預防保健服務。醫(yī)院年門急診量490余萬人，收容19.8萬人，手術近9萬例。

為節(jié)約患者在北京醫(yī)院掛號排隊等候的時間，特開通北京醫(yī)院代掛號服務，預約北京三甲醫(yī)院的專家和以下醫(yī)院掛號：北京301醫(yī)院代掛號，北京大學醫(yī)院代掛號，北京兒童醫(yī)院代掛號，北京協(xié)和醫(yī)院代掛號，北京同仁醫(yī)院代掛號，北京宣武醫(yī)院代掛號，北京腫瘤醫(yī)院代掛號，北大口腔醫(yī)院代掛號，北京婦產醫(yī)院代掛號

在中心主任陳香美院士的領導下，建立了臨床研究、項目支持、公共服務和交流推廣等平臺，建成具有國際規(guī)模的腎臟疾病臨床信息數(shù)據(jù)庫和生物樣本資源庫，聯(lián)合全國500余家單位構建腎臟疾病臨床協(xié)同研究網(wǎng)絡，覆蓋全國90%的地級市。針對我國主要疾病負擔的IgA腎病、糖尿病腎病、老年腎臟病等常見慢性腎臟病以及急性腎損傷和尿毒癥患者血液凈化，從疾病危險因素、預警、診斷、和醫(yī)療質量改進多個層面，建立多中心、大樣本、長期穩(wěn)定隨訪的研究隊列，組織開展大規(guī)模、多中心、高質量的臨床診療研究，已成為臨床新技術、藥品器械研發(fā)與評價的創(chuàng)新基地，帶動我國慢性腎病防治整體水平的提升。

2019年在科技部組織的首次績效評估中，國家慢性腎病臨床醫(yī)學研究中心成績?yōu)椤啊薄?/p>

2019年7月由科技部、國家衛(wèi)生健康委、軍委后勤保障部和原食品藥品監(jiān)管總局正式批準依托解放軍總醫(yī)院第五醫(yī)學中心成立國家感染性疾病臨床醫(yī)學研究中心。研究中心整合國內79家協(xié)作醫(yī)院，針對慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相關疾病等病種，建立病程涵蓋臨床各個階段的大隊列，同時建立標準化的生物樣本庫、臨床診療信息庫及的疾病發(fā)病追蹤系統(tǒng)，形成涵蓋重大感染性疾病及各個病程的資源平臺，終建立我國規(guī)范的病毒性肝炎、艾滋病臨床大數(shù)據(jù)及生物樣本庫整合平臺，形成專業(yè)的管理團隊，為建立符合我國人群特點的肝病、艾滋病診療體系提供重要戰(zhàn)略性資源。