醫(yī)院設(shè)有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應(yīng)科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風(fēng)濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準(zhǔn)的國家臨床重點(diǎn)?？?，變態(tài)反應(yīng)科為國家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)批準(zhǔn)的國家臨床重點(diǎn)專科，中醫(yī)眼科學(xué)為國家中醫(yī)藥管理局批準(zhǔn)的中醫(yī)重點(diǎn)學(xué)科。

青光眼科一直以來就是同仁眼科的重點(diǎn)專業(yè)。多年來，在國內(nèi)眼科學(xué)界長期占據(jù)優(yōu)勢地位，并在國際上享有一定的影響力。目前，青光眼科是中華醫(yī)學(xué)會(huì)眼科學(xué)分會(huì)青光眼學(xué)組組長單位，也是中國醫(yī)師協(xié)會(huì)眼科學(xué)分會(huì)青光眼委員會(huì)主任委員單位。

青光眼科主要的特點(diǎn)和優(yōu)勢是注重臨床和科研相結(jié)合。在保持原有臨床技術(shù)優(yōu)勢的情況下，注重基礎(chǔ)科研工作，在國內(nèi)學(xué)術(shù)界具有優(yōu)勢。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？瞥闪⒂?968年，是國內(nèi)早成立的集臨床、科研、教學(xué)于一體的眼外傷?？?。北京同仁眼外傷?？萍夹g(shù)力量雄厚，學(xué)科梯隊(duì)合理，擁有包括多位經(jīng)驗(yàn)豐富、享有盛譽(yù)的專家和教授在內(nèi)的近20名副主任醫(yī)師以上職稱的高級專業(yè)人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術(shù)量達(dá)5000人次以上。

作為具有同仁特色的科室，眼外傷專科特別注意與口腔頜面外科、神經(jīng)外科、鼻科等兄弟?？频暮献鳎诮徊鎻?fù)合學(xué)科發(fā)展上在國內(nèi)獨(dú)樹一幟。眼外傷?？婆c耳鼻喉科成立了鼻眼相關(guān)中心，聯(lián)合開展了復(fù)合路徑下的眶壁骨折整復(fù)術(shù)、多重療法的視神經(jīng)管減壓術(shù)、合并鼻骨骨折的鼻淚道手術(shù)和眶-鼻竇異物取出、眶面復(fù)合創(chuàng)傷多學(xué)科多層次多斷面聯(lián)合;與神經(jīng)外科合作，率先開拓經(jīng)顱顯微視神經(jīng)管減壓開放術(shù)、眶顱異物取出術(shù)，大大提高了手術(shù)成功率。