醫(yī)院設(shè)有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應(yīng)科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風(fēng)濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準(zhǔn)的國家臨床重點(diǎn)專科，變態(tài)反應(yīng)科為國家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會批準(zhǔn)的國家臨床重點(diǎn)?？?，中醫(yī)眼科學(xué)為國家中醫(yī)藥管理局批準(zhǔn)的中醫(yī)重點(diǎn)學(xué)科。

北京同仁醫(yī)院眼底?？埔I(lǐng)國內(nèi)眼底病的發(fā)展方向，在國內(nèi)率先開展了間接檢眼鏡下孔源性視網(wǎng)膜脫離的手術(shù)，開展了玻璃體視網(wǎng)膜顯微手術(shù)，創(chuàng)新了視網(wǎng)膜中央動脈栓塞的玻璃體手術(shù)，在驅(qū)逐性出血以及眼底腫瘤的放射性敷貼和局部切除手術(shù)等多個(gè)方面處于國內(nèi)和國際前沿。

青光眼科一直以來就是同仁眼科的重點(diǎn)專業(yè)。多年來，在國內(nèi)眼科學(xué)界長期占據(jù)優(yōu)勢地位，并在國際上享有一定的影響力。目前，青光眼科是中華醫(yī)學(xué)會眼科學(xué)分會青光眼學(xué)組組長單位，也是中國醫(yī)師協(xié)會眼科學(xué)分會青光眼委員會主任委員單位。

青光眼科主要的特點(diǎn)和優(yōu)勢是注重臨床和科研相結(jié)合。在保持原有臨床技術(shù)優(yōu)勢的情況下，注重基礎(chǔ)科研工作，在國內(nèi)學(xué)術(shù)界具有優(yōu)勢。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？剖且恢v史悠久、人才梯隊(duì)完整、集醫(yī)教研防一體、臨床特色鮮明的學(xué)科。眼外傷團(tuán)隊(duì)是一個(gè)充滿朝氣、認(rèn)真負(fù)責(zé)、團(tuán)結(jié)向上、精誠合作、注重傳承與發(fā)展的隊(duì)伍!全科同仁以挑戰(zhàn)疑難眼病、救治瀕危眼球?yàn)榧喝?，業(yè)務(wù)上精益求精，科研上勇于探索，繼續(xù)努力不懈地為國內(nèi)外患者提供高質(zhì)量的服務(wù)，以不斷創(chuàng)新的進(jìn)取精神為各類眼外傷患者送去光明和希望。