醫(yī)院設(shè)有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點?？?，變態(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。

青光眼科的臨床診療技術(shù)長期居于國內(nèi)水平，接近國際水平，這是我們多年來的特色，也是在學術(shù)界常年保持水平的重要基礎(chǔ)。以惡性青光眼的診斷和為代表，在難治性青光眼的診斷和方面，始終處于國內(nèi)水平，這方面的研究成果先后獲得北京市科技進步二等獎和三等獎;在許多青光眼診斷技術(shù)的應用方面，青光眼科都走在國內(nèi)同行的前列，比如應用二極管激光睫狀體光凝技術(shù)各種難治性青光眼，應用激光小粱成型術(shù)早期開角型青光眼和殘余性青光眼，青光眼白內(nèi)障的聯(lián)合手術(shù)，非穿通小粱切除手術(shù)，引流植入物手術(shù)、粘小管成型術(shù)、小梁消融術(shù)、全周小梁切開術(shù)先天性青光眼等。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？瞥闪⒂?968年，是國內(nèi)早成立的集臨床、科研、教學于一體的眼外傷?？啤１本┩恃弁鈧麑？萍夹g(shù)力量雄厚，學科梯隊合理，擁有包括多位經(jīng)驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內(nèi)的近20名副主任醫(yī)師以上職稱的高級專業(yè)人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術(shù)量達5000人次以上。

北京同仁醫(yī)院眼外傷專科集幾代眼外傷人的總結(jié)積累、幾十年的臨床實踐診治經(jīng)驗，業(yè)已形成一套具有自身特色的、在國內(nèi)外業(yè)界具有良好口碑的眼外傷診斷常規(guī)，現(xiàn)已發(fā)展成為我國規(guī)模大、綜合技術(shù)力量強的眼外傷?？啤Ｑ弁鈧麑？瞥_展一般常見疾病手術(shù)如：白內(nèi)障摘除、人工晶狀體植入，晶狀體脫位半脫位摘除、人工晶狀體/張力環(huán)脫位半脫位復位、玻璃體切除，眼內(nèi)異物取出，視網(wǎng)膜嵌頓、視網(wǎng)膜脫離復位等手術(shù)外，還廣泛開展了各種復雜眼外傷的前后段聯(lián)合手術(shù)，善于接診各類眼外傷疑難雜癥和重急癥患者，在眼外傷后各種疑難高危復雜玻璃體視網(wǎng)膜病變、眼前節(jié)紊亂、眼球早期萎縮、眼后房微小異物、感染性眼病、復雜性虹膜睫狀體病變以及嚴重眼化學傷等眼外傷相關(guān)疾病的診治水平處于國際水平，是國內(nèi)復雜性眼外傷患者的轉(zhuǎn)診中心，使許多以往無法醫(yī)治的眼底、眼外傷復雜疑難病癥得到成功的救治。