同仁醫(yī)院現(xiàn)有中國工程院院士1名，北京學(xué)者3名，長江學(xué)者1名，享受政府特殊津貼專家11名，獲、北京市突出貢獻(xiàn)專家12名。作為首都醫(yī)科大學(xué)第四臨床醫(yī)學(xué)院，醫(yī)院承擔(dān)著重要的教學(xué)任務(wù)。醫(yī)院現(xiàn)有學(xué)位點(diǎn)28個(gè)，其中博士學(xué)位點(diǎn)13個(gè)。碩士生導(dǎo)師114人，博士生導(dǎo)師41人。擁有15個(gè)北京市住院醫(yī)師培訓(xùn)基地。
改革開放以來，醫(yī)院共獲得省部級以上科技成果獎(jiǎng)勵(lì)138項(xiàng)，其中8項(xiàng)，獲得國家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目253項(xiàng)。
1886年，清光緒十二年，美國基督教“衛(wèi)理公會”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門的孝順胡同開辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。
1899年，“衛(wèi)理公會”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會在北京東交民巷東口(現(xiàn)北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內(nèi)選定并購?fù)自褐罚_始籌備興建工程。
1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專門結(jié)核病。
1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設(shè)在西樓，分為三層，有眼科、內(nèi)科和外科病房，眼科約占1/2。
1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長得到了中華博醫(yī)學(xué)會的資助，聘請美國醫(yī)生潘提司先生來院工作，設(shè)立牙科。1918年與協(xié)和醫(yī)院合辦牙科專門醫(yī)學(xué)校。
1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱再次更改為“賀氏紀(jì)念醫(yī)院”。
1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產(chǎn)，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長被迫離職。
1945年5月，醫(yī)院又由日本“開發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開發(fā)醫(yī)院”。
1945年11月14日，衛(wèi)理公會會督江長川、美國代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會收回了醫(yī)院，恢復(fù)使用同仁醫(yī)院的名稱。
1949年4月，在中共北京市委及市總工會的領(lǐng)導(dǎo)下，醫(yī)院建立了工會。同年11月，建立了新民主主義青年團(tuán)。
1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設(shè)了婦產(chǎn)科、小兒科。
1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。
1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。
1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經(jīng)外科全部遷到以神經(jīng)外科為中心的宣武醫(yī)院。
1959年，眼科研究所成立，設(shè)有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長。
1966年，文化大革命開始后醫(yī)院更名為“北京市工農(nóng)兵醫(yī)院”。
1979年，醫(yī)院復(fù)名“北京市同仁醫(yī)院”。
1994年，更名為“首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京同仁醫(yī)院”。
北京同仁醫(yī)院眼底?？片F(xiàn)有在職主任醫(yī)師11人，副主任醫(yī)師14人，是國內(nèi)規(guī)模大、綜合實(shí)力強(qiáng)的眼底病團(tuán)隊(duì)。團(tuán)隊(duì)骨干擁有各自明確的臨床專長和相關(guān)研究方向，在視網(wǎng)膜脫離、糖尿病視網(wǎng)膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見及疑難復(fù)雜眼底病的臨床領(lǐng)域處于國際前沿。
青光眼科有博士研究生導(dǎo)師一人，碩士研究生導(dǎo)師兩人;有正高級職稱人員5人，副高級職稱人員人9人;青光眼科常年承擔(dān)首都醫(yī)科大學(xué)及首都醫(yī)科大學(xué)國際學(xué)院本科生、研究生、國際學(xué)生的臨床授課任務(wù);青光眼科每日的平均門診病人量200-300人次，科室開放床數(shù)52張，年手術(shù)量超過3000臺，青光眼科住院部的床位使用率常年超過，術(shù)前平均住院日低于4天，各項(xiàng)醫(yī)療指標(biāo)位居全國前列。其中2/3的患者來自外地，每年培養(yǎng)研究生和進(jìn)修醫(yī)生近百名。
