北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫(yī)院主體并稱“一院三所”，成為集醫(yī)療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫(yī)療科研聯(lián)合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準的國家臨床重點學科，變態(tài)反應(鼻過敏)科為原國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。首都醫(yī)科大學北京眼科學院和耳鼻咽喉科學院設(shè)在院內(nèi)。醫(yī)院設(shè)有世界衛(wèi)生組織防盲合作中心和世界衛(wèi)生組織防聾合作中心，附設(shè)北京同仁眼庫(國際眼庫協(xié)會會員)。

同仁醫(yī)院現(xiàn)有中國工程院院士1名，北京學者3名，長江學者1名，享受政府特殊津貼專家11名，獲、北京市突出貢獻專家12名。作為首都醫(yī)科大學第四臨床醫(yī)學院，醫(yī)院承擔著重要的教學任務。醫(yī)院現(xiàn)有學位點28個，其中博士學位點13個。碩士生導師114人，博士生導師41人。擁有15個北京市住院醫(yī)師培訓基地。

改革開放以來，醫(yī)院共獲得省部級以上科技成果獎勵138項，其中8項，獲得國家自然科學基金資助項目253項。

北京同仁醫(yī)院眼底專科現(xiàn)有在職主任醫(yī)師11人，副主任醫(yī)師14人，是國內(nèi)規(guī)模大、綜合實力強的眼底病團隊。團隊骨干擁有各自明確的臨床專長和相關(guān)研究方向，在視網(wǎng)膜脫離、糖尿病視網(wǎng)膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見及疑難復雜眼底病的臨床領(lǐng)域處于國際前沿。

作為具有同仁特色的科室，眼外傷?？铺貏e注意與口腔頜面外科、神經(jīng)外科、鼻科等兄弟?？频暮献?，在交叉復合學科發(fā)展上在國內(nèi)獨樹一幟。眼外傷?？婆c耳鼻喉科成立了鼻眼相關(guān)中心，聯(lián)合開展了復合路徑下的眶壁骨折整復術(shù)、多重療法的視神經(jīng)管減壓術(shù)、合并鼻骨骨折的鼻淚道手術(shù)和眶-鼻竇異物取出、眶面復合創(chuàng)傷多學科多層次多斷面聯(lián)合;與神經(jīng)外科合作，率先開拓經(jīng)顱顯微視神經(jīng)管減壓開放術(shù)、眶顱異物取出術(shù)，大大提高了手術(shù)成功率。