北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫(yī)院主體并稱“一院三所”，成為集醫(yī)療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫(yī)療科研聯(lián)合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準的國家臨床重點學科，變態(tài)反應(鼻過敏)科為原國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？疲嗅t(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。首都醫(yī)科大學北京眼科學院和耳鼻咽喉科學院設在院內(nèi)。醫(yī)院設有世界衛(wèi)生組織防盲合作中心和世界衛(wèi)生組織防聾合作中心，附設北京同仁眼庫(國際眼庫協(xié)會會員)。

醫(yī)院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點?？疲儜B(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？疲嗅t(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。

北京同仁醫(yī)院眼底?？埔I國內(nèi)眼底病的發(fā)展方向，在國內(nèi)率先開展了間接檢眼鏡下孔源性視網(wǎng)膜脫離的手術(shù)，開展了玻璃體視網(wǎng)膜顯微手術(shù)，創(chuàng)新了視網(wǎng)膜中央動脈栓塞的玻璃體手術(shù)，在驅(qū)逐性出血以及眼底腫瘤的放射性敷貼和局部切除手術(shù)等多個方面處于國內(nèi)和國際前沿。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？萍瘞状弁鈧说目偨Y(jié)積累、幾十年的臨床實踐診治經(jīng)驗，業(yè)已形成一套具有自身特色的、在國內(nèi)外業(yè)界具有良好口碑的眼外傷診斷常規(guī)，現(xiàn)已發(fā)展成為我國規(guī)模大、綜合技術(shù)力量強的眼外傷?？?。眼外傷?？瞥_展一般常見疾病手術(shù)如：白內(nèi)障摘除、人工晶狀體植入，晶狀體脫位半脫位摘除、人工晶狀體/張力環(huán)脫位半脫位復位、玻璃體切除，眼內(nèi)異物取出，視網(wǎng)膜嵌頓、視網(wǎng)膜脫離復位等手術(shù)外，還廣泛開展了各種復雜眼外傷的前后段聯(lián)合手術(shù)，善于接診各類眼外傷疑難雜癥和重急癥患者，在眼外傷后各種疑難高危復雜玻璃體視網(wǎng)膜病變、眼前節(jié)紊亂、眼球早期萎縮、眼后房微小異物、感染性眼病、復雜性虹膜睫狀體病變以及嚴重眼化學傷等眼外傷相關疾病的診治水平處于國際水平，是國內(nèi)復雜性眼外傷患者的轉(zhuǎn)診中心，使許多以往無法醫(yī)治的眼底、眼外傷復雜疑難病癥得到成功的救治。