1886年，清光緒十二年，美國基督教“衛(wèi)理公會”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門的孝順胡同開辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。

1899年，“衛(wèi)理公會”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會在北京東交民巷東口(現北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內選定并購妥院址，開始籌備興建工程。

1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專門結核病。

1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設在西樓，分為三層，有眼科、內科和外科病房，眼科約占1/2。

1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長得到了中華博醫(yī)學會的資助，聘請美國醫(yī)生潘提司先生來院工作，設立牙科。1918年與協和醫(yī)院合辦牙科專門醫(yī)學校。

1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱再次更改為“賀氏紀念醫(yī)院”。

1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長被迫離職。

1945年5月，醫(yī)院又由日本“開發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開發(fā)醫(yī)院”。

1945年11月14日，衛(wèi)理公會會督江長川、美國代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會收回了醫(yī)院，恢復使用同仁醫(yī)院的名稱。

1949年4月，在中共北京市委及市總工會的領導下，醫(yī)院建立了工會。同年11月，建立了新民主主義青年團。

1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設了婦產科、小兒科。

1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。

1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。

1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經外科全部遷到以神經外科為中心的宣武醫(yī)院。

1959年，眼科研究所成立，設有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長。

1966年，文化大革命開始后醫(yī)院更名為“北京市工農兵醫(yī)院”。

1979年，醫(yī)院復名“北京市同仁醫(yī)院”。

1994年，更名為“首都醫(yī)科大學附屬北京同仁醫(yī)院”。

北京同仁醫(yī)院眼底專科現有在職主任醫(yī)師11人，副主任醫(yī)師14人，是國內規(guī)模大、綜合實力強的眼底病團隊。團隊骨干擁有各自明確的臨床專長和相關研究方向，在視網膜脫離、糖尿病視網膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見及疑難復雜眼底病的臨床領域處于國際前沿。

北京同仁醫(yī)院眼底專科引領國內眼底病的發(fā)展方向，在國內率先開展了間接檢眼鏡下孔源性視網膜脫離的手術，開展了玻璃體視網膜顯微手術，創(chuàng)新了視網膜中央動脈栓塞的玻璃體手術，在驅逐性出血以及眼底腫瘤的放射性敷貼和局部切除手術等多個方面處于國內和國際前沿。

近年來眼外傷專科在國內率先開展各種眼外傷、眼底病的診治新技術，包括顯微眼內窺鏡下的視網膜脫離復位、眼內異物取出以及眼內窺鏡睫狀突光凝難治性青光眼等，為眼外傷患者提供了新的途徑;包括23G、25G微創(chuàng)玻璃體視網膜手術，在“微創(chuàng)意識”引領下積極開展微創(chuàng)玻璃體視網膜手術，以小侵襲或損傷達到佳手術療效。另外開展虹膜瞳孔損傷修復、帶虹膜人工晶狀體植入、鞏膜層間人工晶狀體固定、人工角膜鏡下玻璃體手術聯合角膜移植、各類兒童玻璃體視網膜病變的微創(chuàng)玻璃體手術、兒童復雜眼外傷的微創(chuàng)玻璃體手術、抗VEGF外傷性新生血管疾病等。