醫(yī)院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點?？?，變態(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。

青光眼科一直以來就是同仁眼科的重點專業(yè)。多年來，在國內(nèi)眼科學界長期占據(jù)優(yōu)勢地位，并在國際上享有一定的影響力。目前，青光眼科是中華醫(yī)學會眼科學分會青光眼學組組長單位，也是中國醫(yī)師協(xié)會眼科學分會青光眼委員會主任委員單位。

青光眼科主要的特點和優(yōu)勢是注重臨床和科研相結(jié)合。在保持原有臨床技術優(yōu)勢的情況下，注重基礎科研工作，在國內(nèi)學術界具有優(yōu)勢。

近年來眼外傷?？圃趪鴥?nèi)率先開展各種眼外傷、眼底病的診治新技術，包括顯微眼內(nèi)窺鏡下的視網(wǎng)膜脫離復位、眼內(nèi)異物取出以及眼內(nèi)窺鏡睫狀突光凝難治性青光眼等，為眼外傷患者提供了新的途徑;包括23G、25G微創(chuàng)玻璃體視網(wǎng)膜手術，在“微創(chuàng)意識”引領下積極開展微創(chuàng)玻璃體視網(wǎng)膜手術，以小侵襲或損傷達到佳手術療效。另外開展虹膜瞳孔損傷修復、帶虹膜人工晶狀體植入、鞏膜層間人工晶狀體固定、人工角膜鏡下玻璃體手術聯(lián)合角膜移植、各類兒童玻璃體視網(wǎng)膜病變的微創(chuàng)玻璃體手術、兒童復雜眼外傷的微創(chuàng)玻璃體手術、抗VEGF外傷性新生血管疾病等。

角膜塑形鏡門診現(xiàn)設立在北京同仁醫(yī)院崇文門院區(qū)東區(qū)一樓視光中心門診，隸屬眼科醫(yī)學視光中心，現(xiàn)有醫(yī)生6人，均為副高以上職稱，專業(yè)擅長為眼視光醫(yī)學及角膜病學，在復雜角膜屈光問題，近視眼防控，角膜塑形鏡驗配，硬性角膜接觸鏡(RGP)驗配等領域具有豐富的臨床經(jīng)驗。

服務人群：18-55歲的近視、散光、遠視等屈光不正，希望通過手術矯正獲得更好視覺體驗的患者。