根據(jù)相關(guān)法律規(guī)定，農(nóng)民工工資保證金確實(shí)可以使用金融機(jī)構(gòu)出具的保函來替代。《保障農(nóng)民工工資支付條例》第三十二條明確指出，“工資保證金可以用金融機(jī)構(gòu)保函替代”，這意味著除了傳統(tǒng)的現(xiàn)金繳存方式外，還可以通過保函的方式來滿足這一制度的要求。

農(nóng)民工工資保函是指擔(dān)保人（銀行、保險(xiǎn)機(jī)構(gòu)或?qū)I(yè)擔(dān)保公司）應(yīng)承包商申請(qǐng)，保證其在勞務(wù)用工合同項(xiàng)下或根據(jù)工程所在地政府相關(guān)要求，按時(shí)、足額向參與工程建設(shè)的施工人員支付工資的書面承諾，緩解企業(yè)財(cái)務(wù)壓力，保障農(nóng)民工工資的如期、足額、及時(shí)發(fā)放。

投標(biāo)人在中標(biāo)后簽訂的合同中規(guī)定，承包人委托銀行向業(yè)主出具的由業(yè)主按合同規(guī)定向承包人支付一筆工程預(yù)付款，及時(shí)用于實(shí)施項(xiàng)目的保證函件（即A委托B向C作出擔(dān)保，擔(dān)保內(nèi)容是C按合同約定向A支付的預(yù)付款確實(shí)在用于項(xiàng)目的實(shí)施）。

履約保證金不同于定金，履約保證金的目的是擔(dān)保承包商完全履行合同，主要擔(dān)保工期和質(zhì)量符合合同的約定。承包商順利履行完畢自己的義務(wù)，招標(biāo)人必須全額返還承包商。履約保證金的功能，在于承包商違約時(shí)，賠償招標(biāo)人的損失，也即如果承包商違約，將喪失收回履約保證金的權(quán)利，且，并不以此為限。