北京301醫(yī)院先后被評為“國際模范愛嬰醫(yī)院”、“全國百佳醫(yī)院”、“全國百姓放心醫(yī)院”、“全國百姓放心示范醫(yī)院”、“全軍為部隊服務(wù)先進醫(yī)院”，榮獲全國衛(wèi)生系統(tǒng)“文化建設(shè)創(chuàng)新獎”、國家衛(wèi)生部授予“醫(yī)院改革創(chuàng)新獎”。

令狐恩強率先定名完善消化內(nèi)鏡隧道技術(shù)，模糊了消化內(nèi)外科的界限，替代了一批傳統(tǒng)外科手術(shù)；率先提出基于保持人體解剖結(jié)構(gòu)不變條件下，達到祛除疾病目的的超級微創(chuàng)手術(shù)新概念，替代長期存在以切除器官為代價的手術(shù)模式，為未來手術(shù)方法學(xué)與器械研發(fā)指明了方向。

令狐恩強從事消化病及消化內(nèi)鏡研究、臨床、教學(xué)及保健工作，緊貼臨床一線進行技術(shù)與理論創(chuàng)新。他提出的疾病分類、分型，被多個學(xué)會采納寫入指南。他定名和完善的消化內(nèi)鏡隧道技術(shù)，打破了傳統(tǒng)內(nèi)科和外科的界限，將一些原本由外科手術(shù)治 療的疾病轉(zhuǎn)為內(nèi)窺鏡下，且創(chuàng)傷極小、術(shù)后恢復(fù)快、費用低、療效顯著；他在消化管道深部臟器損傷治 療方面處于世界領(lǐng) 先水平。

令狐恩強為中國逆行胰膽管造影（ERCP）規(guī)范的出臺做出了積極的貢獻，為中國消化道早癌的內(nèi)鏡下技術(shù)的完善與普及做了大量工作，為中國的內(nèi)鏡下早癌切除躋身世界先進行列做出了積極的貢獻。