北京空 軍總醫(yī)院學(xué)科設(shè)置齊全，擁有50多個(gè)臨床、醫(yī)技科室，擁有皮膚科、中西醫(yī)結(jié)合正骨科、中醫(yī)科3個(gè)國(guó)家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科和專科、專病中心，1個(gè)全軍皮膚病研究所，8個(gè)全軍醫(yī)學(xué)?？?、專病中心，1個(gè)國(guó)家臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)及全軍臨床藥理基地，設(shè)有飛行學(xué)員醫(yī)學(xué)選拔中心及一批特色學(xué)科。
北京空 軍總醫(yī)院積極追蹤醫(yī)學(xué)前沿，開展了肝、腎移植，胰腎聯(lián)合移植，眼角膜移植等多器官移植應(yīng)用研究；半相合骨髓移植、干細(xì)胞移植臨床研究；三維適形定向放射治 療腫瘤應(yīng)用研究；纖維內(nèi)窺鏡技術(shù)應(yīng)用研究；各種激光治 療技術(shù)應(yīng)用研究；飛行員飛行心理指導(dǎo)干預(yù)；以及腹腔鏡、關(guān)節(jié)鏡等各類介入微創(chuàng)技術(shù)等。
北京空 軍總醫(yī)院共編設(shè)50多個(gè)臨床、醫(yī)技科室，展開床位1500多張，年門診量200多萬人次，收治量約4萬人次，手術(shù)1.8萬臺(tái)次。有空 軍級(jí)專家3人，空 軍高層次科技人才75人。擁有PET-CT、640排CT、高低場(chǎng)核磁、2微米激光腔鏡治 療系統(tǒng)等高 端科研醫(yī)療設(shè)備。
北京空 軍總醫(yī)院現(xiàn)有3個(gè)國(guó)家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科（皮膚病重點(diǎn)學(xué)科、脊柱軟傷?？坪痛x病重點(diǎn)專科）、3個(gè)軍隊(duì)臨床重點(diǎn)?？疲谇?、皮膚、航空臨床醫(yī)學(xué)）、8個(gè)全 軍醫(yī)學(xué)專科（專?。┲行模ㄅR床航空醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合正骨、半匹配骨髓移植、腫瘤放療、小腸疾病內(nèi)鏡診治、泌尿微創(chuàng)診療、優(yōu)生優(yōu)育技術(shù)指導(dǎo)、心理技術(shù)指導(dǎo)中心）、18個(gè)專業(yè)實(shí)驗(yàn)室，主要面向全軍承擔(dān)特殊職業(yè)病研究、預(yù)防、診治和應(yīng)急支援保障任務(wù)，承擔(dān)招收飛行學(xué)員體檢和飛行人員航空醫(yī)學(xué)鑒定、訓(xùn)練任務(wù)及上級(jí)賦予的其他任務(wù)。