北京301醫(yī)院擁有1個國家重點實驗室、2個教育部重點實驗室、9個北京市重點實驗室，12個全軍醫(yī)學(xué)專業(yè)重點實驗室，國家臨床醫(yī)學(xué)研究中心1個，國際聯(lián)合研究中心1個，形成了以綜合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。

北京301醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進(jìn)步一等獎7項，二等獎22項，國家發(fā)明獎3項，軍隊科技進(jìn)步一等獎21項。醫(yī)院承擔(dān)“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內(nèi)、國際公開發(fā)表的論文總數(shù)和國內(nèi)論文被引用次數(shù)連續(xù)4年居全國醫(yī)院之首。

令狐恩強(qiáng)提出的診斷與治 療一體的LDRf分型記錄法，是全世界首 個覆蓋全消化道的靜脈曲張分型記錄法，在全國使用；提出的肝移植術(shù)后ERCP膽管狹窄的A/B/C/D 分型法對膽管狹窄的治 療具有一定的指導(dǎo)意義；提出的賁門失弛緩內(nèi)鏡下I/II/III分型法、與黏膜粘連度a/b/c/d/e/f分級法填補(bǔ)了國際空白，為消化內(nèi)鏡隧道技術(shù)的適應(yīng)證與禁忌癥的制定奠定了基礎(chǔ)。

令狐恩強(qiáng)指出，近幾年，隨著消化內(nèi)鏡技術(shù)的快速發(fā)展，我國已從微創(chuàng)外科到超級微創(chuàng)外科的過渡。現(xiàn)在廣義上的微創(chuàng)手術(shù)指的是微小創(chuàng)口的外科手術(shù)。然而微創(chuàng)發(fā)展到今天，它的概念已經(jīng)改變：相對于開腹、開胸而言，微創(chuàng)是用腹腔鏡、胸腔鏡等內(nèi)鏡對患者病變部位進(jìn)行切除，但是其切除的范圍仍然很大。然而隨著消化內(nèi)鏡技術(shù)的發(fā)展，我們現(xiàn)在強(qiáng)調(diào)：在保留組織解剖結(jié)構(gòu)完整和保證器官功能的基礎(chǔ)和前提下，可能性地切除病變部位，從而達(dá)到患者的目的。這我們稱之為“超級微創(chuàng)”，這也是未來醫(yī)學(xué)的發(fā)展趨勢。