曾學軍教授在多項首發(fā)基金連續(xù)十年支持下開展大型綜合醫(yī)院與社區(qū)醫(yī)療機構合作模式的研究。2005年始主持《社區(qū)中老年人健康管理規(guī)范》的制訂和推廣，成為國家公共衛(wèi)生規(guī)范項目之一，并于2015年成為國家推薦標準。

曾學軍教授參與了國內(nèi)目前所有關于痛風和高尿酸血癥指南的制定工作， 2013 年牽頭制定了《高尿酸血癥社區(qū)管理規(guī)范草案》，2018年11月在中華全科醫(yī)師雜志上發(fā)表修訂版《高尿酸血癥社區(qū)管理流程的專家建議》，2020年4月再次牽頭制定《痛風及高尿酸血癥基層診療指南》。

2020年8月，北京協(xié)和醫(yī)院風濕免疫科實驗室完成了靶抗原特異性標志物的全部項目方法學升級，由傳統(tǒng)手工、批量操作、定性檢測的酶聯(lián)免疫吸附測定（ELISA）升級為全自動、實時進樣、高通量、定時檢測的化學發(fā)光檢測方法，可檢測自身抗體60余種。這也是國內(nèi)三甲醫(yī)院第 一條專門用于自身抗體檢測的全自動流水線，日運行通量可達1.5萬次。報告時間縮短到0.5至1個工作日，為患者的精 準診斷提供了重要支撐。

重視科研是協(xié)和風濕免疫科的傳統(tǒng)。科室1979年起就率先在全國進行自身抗體檢測的研究。1988年，“抗核抗體譜的建立及臨床應用研究”獲國家科技進步三等獎；1995年，“原發(fā)性干燥綜合征的系列研究”獲國家科技進步三等獎；近年來，獲北京市科學技術獎、中華醫(yī)學科技獎、華夏醫(yī)學科技獎等省部級獎項共計13項。