北京兒童醫(yī)院技術力量雄厚。擁有重點學科兒科學，國家兒童腫瘤監(jiān)測中心、國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學研究中心、國家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點?？?，5個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫(yī)療中心。醫(yī)院設有疑難罕見病例會診中心和遠程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內(nèi)地位，是中華醫(yī)學會兒科學分會、兒外科分會，中國醫(yī)師協(xié)會小兒外科醫(yī)師分會，中華護理學會兒科專業(yè)委員會主任委員單位。

北京兒童醫(yī)院先后獲得“全國文明單位”“首都文明單位標兵”“首都文明服務示范窗口”“專科醫(yī)院”“雙十佳人民滿意醫(yī)院”“北京蕞受歡迎三甲醫(yī)院”榮譽稱號及“首都勞動獎狀”“全國五一勞動獎狀”。

在國內(nèi)率先開展了兒童正常腦發(fā)育和神經(jīng)障礙性疾病的多模態(tài)磁共振研究,首次利用酰胺質(zhì)子轉(zhuǎn)移成像和磁化轉(zhuǎn)移成像技術發(fā)現(xiàn)兒童腦白質(zhì)的游離蛋白含量隨著腦發(fā)育進程逐漸減低,提出APT成像技術可以用來監(jiān)測兒童的髓鞘化形成過程。2012年1月提出腦認知功能癱瘓概念(認知癱, Cognitive palsy, CP)，是繼Kanner之后對腦認知的重大推進。這是一個全新的精神病理學概念。目前正利用彌散張量磁共振成像技術建立0-2歲嬰幼兒腦白質(zhì)模板,以填充和彌補人類腦計劃中嬰幼兒腦發(fā)育的空白?

2019年1月由中國醫(yī)師協(xié)會和醫(yī)師報主辦的推動行業(yè)前行的力量——第四屆《醫(yī)師報》醫(yī)學家峰會推選國家兒童醫(yī)學中心首都醫(yī)科大學附屬北京兒童醫(yī)院精神心理科榮獲2018年中國健康公益星十大公益醫(yī)院/科室獎。