國家兒童醫(yī)學(xué)中心、首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京兒童醫(yī)院是集醫(yī)療、科研、教學(xué)、保健于一體的三級甲等綜合性兒科醫(yī)院，前身是我國現(xiàn)代兒科學(xué)奠基人諸福棠院士于1942年創(chuàng)辦的北平私立兒童醫(yī)院。醫(yī)院總占地面積7萬平方米，建筑面積12萬平方米，編制病床970張，年均門診量約300萬人次，住院病人8萬余人次，手術(shù)逾2.6萬例。

醫(yī)院擁有教育部兒科學(xué)國家重點學(xué)科和教學(xué)團隊，是首都醫(yī)科大學(xué)兒科醫(yī)學(xué)院和兒科學(xué)系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔(dān)著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護(hù)理大專及繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育等多層次教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細(xì)胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細(xì)胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細(xì)胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細(xì)胞移植科，同年 6月，干細(xì)胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細(xì)胞移植中心，現(xiàn)干細(xì)胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細(xì)胞采集室，1個干細(xì)胞實驗室，每年進(jìn)行150-250例造血干細(xì)胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細(xì)胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團隊分別長駐北京和保定同時開展干細(xì)胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗光配鏡中心、弱視訓(xùn)練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時為北京市殘聯(lián)指定殘疾評估、康復(fù)中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。