北京兒童醫(yī)院積極發(fā)揮學科作用，領航兒科行業(yè)發(fā)展。2013年牽頭組建北京兒童醫(yī)院集團，創(chuàng)新“病人不動、醫(yī)生移動”的模式服務全國患兒，目前理事單位成員已達57家。醫(yī)院與美國、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國、法國、日本、新加坡等國家的兒童醫(yī)療機構(gòu)和科研院所建立了良好的關系和廣泛的合作，是科技部認定的兒童重大疾病國際科技合作基地。

醫(yī)院以病人為中心，全心全意為兒童服務，大力弘揚“公慈勤和”院訓精神，涌現(xiàn)出全國道德模范、全國共產(chǎn)黨員賈立群同志等杰出代表。醫(yī)院堅持公益，始終“關注兒童、關注健康”，成立“北京兒童健康基金會”，扶助困難家庭患兒就醫(yī);組織醫(yī)療骨干參加援疆援藏任務、“人才京郊行”、大型義診活動，為偏遠地區(qū)和基層單位的兒童送醫(yī)、送藥、送健康;開展免費救治西藏先心病、唇腭裂患兒活動，舉辦血友病、糖尿病、白血病兒童夏令營，讓患兒感受到社會的溫暖。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領導下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細胞移植病房基礎上，成立了北京兒童醫(yī)院干細胞移植科，同年 6月，干細胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細胞移植中心，現(xiàn)干細胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細胞采集室，1個干細胞實驗室，每年進行150-250例造血干細胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細胞移植中心，秦茂權(quán)帶領其團隊分別長駐北京和保定同時開展干細胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

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