北京兒童醫(yī)院共有在職職工3210人，其中醫(yī)生968人，護士1325人，醫(yī)技462人。正高級職稱292人，副高級職稱380人，中級職稱692人。醫(yī)院擁有中國現(xiàn)代兒科學奠基人諸福棠、中國兒童血液腫瘤學開創(chuàng)者胡亞美、中國小兒外科創(chuàng)始人之一張金哲等國內(nèi)兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻專家、享受政府特殊津貼人員、新世紀百千萬人才工程人選、國家杰出青年科學基金獲得者等眾多高層次人才。

北京兒童醫(yī)院積極發(fā)揮學科作用，領(lǐng)航兒科行業(yè)發(fā)展。2013年牽頭組建北京兒童醫(yī)院集團，創(chuàng)新“病人不動、醫(yī)生移動”的模式服務(wù)全國患兒，目前理事單位成員已達57家。醫(yī)院與美國、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國、法國、日本、新加坡等國家的兒童醫(yī)療機構(gòu)和科研院所建立了良好的關(guān)系和廣泛的合作，是科技部認定的兒童重大疾病國際科技合作基地。

腫瘤內(nèi)科科室包括兒童實體腫瘤、兒童淋巴瘤兩個專業(yè)，住院部設(shè)置在北京兒童醫(yī)院順義院區(qū)，擁有兩個病區(qū)，分別收治兒童實體瘤、淋巴瘤病人。腫瘤內(nèi)科在北京兒童醫(yī)院西城院區(qū)、順義院區(qū)，均設(shè)置有專業(yè)門診，均由專業(yè)醫(yī)生團隊出診，患者可根據(jù)需求選擇不同院區(qū)就診。

開展的特色診療項目包括特發(fā)性眼球震顫等復(fù)雜斜視的手術(shù)及發(fā)病機制研究，兒童及嬰幼兒角膜移植手術(shù)，兒童眼球震顫及白內(nèi)障術(shù)后個性化視覺功能重建，早產(chǎn)兒視網(wǎng)膜病變的綜合診治，Ritleng淚道插管手術(shù)、微創(chuàng)淚道重建術(shù)、鼻內(nèi)窺鏡鼻腔淚囊吻合術(shù)等復(fù)雜兒童淚道疾病、利用GORE-TEX新型材料進行額肌懸吊術(shù)兒童上瞼下垂，先天性小瞼裂綜合征微創(chuàng)手術(shù)，視網(wǎng)膜母細胞瘤的個性化綜合， 360°微導(dǎo)管引導(dǎo)下小梁切開術(shù)先天性青光眼等。