醫(yī)院擁有5位中國工程院院士，1百多名技術(shù)三級以上專家，1千多名高職專業(yè)技術(shù)人員。醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎20項，國家發(fā)明獎2項，軍隊科技進步一等獎21項。 [2]

2017年11月11日下午，復旦大學醫(yī)院管理研究所正式發(fā)布了《2016年度中國醫(yī)院排行榜》和《2016年度中國醫(yī)院?？坡曌u排行榜》，中國人民解放軍總醫(yī)院名列第三。

科研平臺

據(jù)醫(yī)院官網(wǎng)2015年12月信息顯示：醫(yī)院擁有1個國家重點實驗室、2個教育部重點實驗室、9個北京市重點實驗室，12個全軍醫(yī)學專業(yè)重點實驗室，國家臨床醫(yī)學研究中心1個，國際聯(lián)合研究中心1個，形成了以綜合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。

國家重點實驗室（1個）：腎臟疾病國家重點實驗室

教育部重點實驗室（2個）：腫瘤靶向和抗體教育部重點實驗室、聾病教育部重點實驗室

北京市重點實驗室（9個）：北京細胞工程和抗體重點實驗室、腎臟疾病研究北京市重點實驗室 、皮膚損傷修復與組織再生北京市重點實驗室 、骨科再生醫(yī)學北京市重點實驗室、衰老與相關(guān)疾病北京市重點實驗室、肺損傷與感染北京市重點實驗室、心血管疾病微創(chuàng)技術(shù)研究北京市重點實驗室、骨科植入醫(yī)療器械工程技術(shù)研究中心、聾病防治北京市重點實驗室

全軍醫(yī)學專業(yè)重點實驗室（12個）：腎臟病、肺損傷與感染、老年心血管病、骨科戰(zhàn)創(chuàng)傷、聲損失防護、數(shù)字肝膽外科、創(chuàng)傷修復與組織再生、腫瘤學、口腔頜面修復等

國家臨床醫(yī)學研究中心（1個）：腎臟疾病國家臨床研究中心

國際聯(lián)合研究中心（1個）：機器人微創(chuàng)心血管外科國際聯(lián)合研究中心

科研成果

據(jù)醫(yī)院官網(wǎng)2015年12月信息顯示：醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎22項，國家發(fā)明獎3項，軍隊科技進步一等獎21項。醫(yī)院承擔“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內(nèi)、國際公開發(fā)表的論文總數(shù)和國內(nèi)論文被引用次數(shù)連續(xù)4年居全國醫(yī)院之首。

2009年全院承擔各級別科研課題740余項，在研經(jīng)費3.1億元。近5年獲國家科技進步獎12項（一等獎2項，二等獎10項），獲北京市科學技術(shù)獎21項（一等獎4項，二等獎13項，三等獎4項），獲軍隊獎172項（科技進步獎52項，醫(yī)療成果獎120項）。2008年國內(nèi)論文總數(shù)在全國醫(yī)療機構(gòu)中排名（3056篇），中國國內(nèi)論文被引次數(shù)在全國醫(yī)療機構(gòu)中排名（10214次），MEDLINE收錄論文數(shù)在全國醫(yī)療機構(gòu)中排名第二（307篇），SCI收錄論文數(shù)在全國醫(yī)療機構(gòu)中排名第十一（122篇）。

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