醫(yī)院擁有5位中國工程院院士，1百多名技術(shù)三級以上專家，1千多名高職專業(yè)技術(shù)人員。醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎20項，國家發(fā)明獎2項，軍隊科技進步一等獎21項。 [2]

2017年11月11日下午，復(fù)旦大學(xué)醫(yī)院管理研究所正式發(fā)布了《2016年度中國醫(yī)院排行榜》和《2016年度中國醫(yī)院?？坡曌u排行榜》，中國人民解放軍總醫(yī)院名列第三。

科研平臺

據(jù)醫(yī)院官網(wǎng)2015年12月信息顯示：醫(yī)院擁有1個國家重點實驗室、2個教育部重點實驗室、9個北京市重點實驗室，12個全軍醫(yī)學(xué)專業(yè)重點實驗室，國家臨床醫(yī)學(xué)研究中心1個，國際聯(lián)合研究中心1個，形成了以綜合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。

國家重點實驗室（1個）：腎臟疾病國家重點實驗室

教育部重點實驗室（2個）：腫瘤靶向和抗體教育部重點實驗室、聾病教育部重點實驗室

北京市重點實驗室（9個）：北京細(xì)胞工程和抗體重點實驗室、腎臟疾病研究北京市重點實驗室 、皮膚損傷修復(fù)與組織再生北京市重點實驗室 、骨科再生醫(yī)學(xué)北京市重點實驗室、衰老與相關(guān)疾病北京市重點實驗室、肺損傷與感染北京市重點實驗室、心血管疾病微創(chuàng)技術(shù)研究北京市重點實驗室、骨科植入醫(yī)療器械工程技術(shù)研究中心、聾病防治北京市重點實驗室

全軍醫(yī)學(xué)專業(yè)重點實驗室（12個）：腎臟病、肺損傷與感染、老年心血管病、骨科戰(zhàn)創(chuàng)傷、聲損失防護、數(shù)字肝膽外科、創(chuàng)傷修復(fù)與組織再生、腫瘤學(xué)、口腔頜面修復(fù)等

國家臨床醫(yī)學(xué)研究中心（1個）：腎臟疾病國家臨床研究中心

國際聯(lián)合研究中心（1個）：機器人微創(chuàng)心血管外科國際聯(lián)合研究中心

2014年國家科學(xué)技術(shù)獎

國家創(chuàng)新團隊獎：“解放軍總醫(yī)院器官損傷與修復(fù)綜合救治創(chuàng)新團隊”（陳香美、付小兵院士牽頭）

國家技術(shù)發(fā)明二等獎：“微波消融設(shè)備的研發(fā)與臨床應(yīng)用”項目（內(nèi)科臨床部超聲介入科梁萍教授）

國家科技進步二等獎：“肝膽胰微創(chuàng)外科技術(shù)研究及其推廣應(yīng)用”項目（內(nèi)科臨床部腫瘤外二科劉榮教授申）、“戰(zhàn)創(chuàng)（燒）傷軟組織毀損修復(fù)與功能重建系列技術(shù)創(chuàng)新與應(yīng)用”項目（304臨床部整形科柴家科教授）

預(yù)約掛號，掛專家號更是“一號難求”,這是當(dāng)前許多大型醫(yī)院的普遍現(xiàn)象。預(yù)約掛號是各地近年來開展的一項便民就醫(yī)服務(wù)，旨在縮短看病流程，節(jié)約患者時間。這種預(yù)約掛號大多通過醫(yī)療機構(gòu)提供的電話或者網(wǎng)絡(luò)進行，基本上是免費或者只收取很少的手續(xù)費。由于預(yù)約掛號需要事先登記患者的信息，并且可以減少在醫(yī)院掛號窗口排隊等待之苦，因此它一定程度上也有利于改善就醫(yī)環(huán)境，促進“實名制”的推行，受到了不少患者的肯定和歡迎。