黃曉軍于1987年畢業(yè)于中山醫(yī)科大學(xué)醫(yī)療系；1992年獲得北京醫(yī)科大學(xué)獲醫(yī)學(xué)博士學(xué)位；1997—1998年在美國(guó)阿爾伯特·愛(ài)因斯坦醫(yī)學(xué)院腫瘤研究中心從事血液惡性腫瘤新的研究；2005年任北京大學(xué)血液病研究所所長(zhǎng) ；2007年獲得“國(guó)家杰出青年科學(xué)基金”資助；2012年入選“科技北京百名領(lǐng)軍人才”；2013年入選“國(guó)家百千萬(wàn)人才工程”；2017年3月入選“中國(guó)十大醫(yī)學(xué)新聞人物”；2022年當(dāng)選為中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院學(xué)部委員；2023年當(dāng)選法國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)科學(xué)院外籍通訊院士；2023年11月，當(dāng)選為中國(guó)工程院院士。

黃曉軍教授長(zhǎng)期聚焦白血病等其他惡性血液疾病的前沿研究和臨床，創(chuàng)建骨髓移植中國(guó)科學(xué)新方案—“北京方案”，解決了“供者來(lái)源匱乏”這一世界性醫(yī)學(xué)難題，使親屬成為移植供者的概率由不足25%上升至接近；顯著提高了患者生存，使半相合移植白血病的3年生存率從約20%升至70%左右。北京方案改變了世界半相合移植“不可逾越”的傳統(tǒng)觀(guān)念，使半相合移植成為白血病一線(xiàn)方案，促進(jìn)了全球白血病和骨髓移植學(xué)科的在近20年的長(zhǎng)足進(jìn)步。

“北京方案”改變了全球造血干細(xì)胞移植的格局，近3年已成為我國(guó)來(lái)源類(lèi)型的移植方式，也促進(jìn)了歐美單倍體移植的快速發(fā)展，使造血干細(xì)胞移植進(jìn)入“人人都有供者”的新時(shí)代. 主要貢獻(xiàn)如下： （1） 發(fā)展完善了國(guó)際原創(chuàng)的單倍體移植體系：突破免疫屏障，使造血干細(xì)胞移植這種白血病方法不再限于“配型相合”，“父母供子女，子女供父母”等“單倍體移植”模式取得與全合移植相同療效。此體系的發(fā)展與應(yīng)用成功解決了“供者匱乏”這一困擾全世界的關(guān)鍵臨床問(wèn)題，迎來(lái)了“人人都有移植供者”新時(shí)代。 （2）移植合并癥防治：建立了以分層乃至個(gè)體化為特色的移植后白血病復(fù)發(fā)及移植物抗宿主病新型防治體系，臨床上實(shí)現(xiàn)了抗白血病效應(yīng)和移植物抗宿主作用分離，提高了患者生存。 （3）白血病分層與靶向：國(guó)際上首次證實(shí)口服砷劑可替代靜脈砷劑急性早幼粒細(xì)胞白血病（APL），在此基礎(chǔ)上證實(shí)非高危APL患者口服砷劑聯(lián)合維甲酸即可獲長(zhǎng)期生存，首次實(shí)現(xiàn)了不輸液、不化

2007年擔(dān)任國(guó)家杰出青年科學(xué)基金項(xiàng)目負(fù)責(zé)人，創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)帶頭人。負(fù)責(zé)承擔(dān)國(guó)家自然科學(xué)基金國(guó)家“863”基金、“985”基金、北京大學(xué)211基金、衛(wèi)生部基金、教育部博士點(diǎn)和“新世紀(jì)人才”等多項(xiàng)基金。發(fā)表論文100多篇，綜述10多篇，專(zhuān)著10部。1996年被評(píng)為碩士研究生導(dǎo)師，1999年獲北京市醫(yī)務(wù)工作者，2003年獲北京市五、四青年稱(chēng)號(hào)，被評(píng)為博士生導(dǎo)師。2005年被評(píng)為教育部“新世紀(jì)人才”。在2006年獲中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)，2008年衛(wèi)生部吳楊獎(jiǎng)獲得者，2008年中國(guó)醫(yī)師獎(jiǎng)獲得者。