黃曉軍于1987年畢業(yè)于中山醫(yī)科大學醫(yī)療系；1992年獲得北京醫(yī)科大學獲醫(yī)學博士學位；1997—1998年在美國阿爾伯特·愛因斯坦醫(yī)學院腫瘤研究中心從事血液惡性腫瘤新的研究；2005年任北京大學血液病研究所所長 ；2007年獲得“國家杰出青年科學基金”資助；2012年入選“科技北京百名領(lǐng)軍人才”；2013年入選“國家百千萬人才工程”；2017年3月入選“中國十大醫(yī)學新聞人物”；2022年當選為中國醫(yī)學科學院學部委員；2023年當選法國國家醫(yī)學科學院外籍通訊院士；2023年11月，當選為中國工程院院士。

黃曉軍教授長期聚焦白血病等其他惡性血液疾病的前沿研究和臨床，創(chuàng)建骨髓移植中國科學新方案—“北京方案”，解決了“供者來源匱乏”這一世界性醫(yī)學難題，使親屬成為移植供者的概率由不足25%上升至接近；顯著提高了患者生存，使半相合移植白血病的3年生存率從約20%升至70%左右。北京方案改變了世界半相合移植“不可逾越”的傳統(tǒng)觀念，使半相合移植成為白血病一線方案，促進了全球白血病和骨髓移植學科的在近20年的長足進步。

造血干細胞移植是白血病的有效方式,供者來源缺乏是一世界性難題，北京大學人民醫(yī)院黃曉軍團隊在自創(chuàng)的粒細胞集落刺激因子誘導(dǎo)免疫耐受的基礎(chǔ)上，對單倍體移植技術(shù)的多個方面進行了創(chuàng)新與改進，形成國際公認的原創(chuàng)非體外去T單倍體造血干細胞移植體系——“北京方案”；“北京方案”白血病取得與同胞全合一致的療效。２０１６年，該方案被世界骨髓移植協(xié)會推薦作為全球缺乏全相合供體的移植可靠方案；該方案還被寫入國際骨髓移植教材，并被美國、英國等國骨髓移植相關(guān)指南引用。

2007年擔任國家杰出青年科學基金項目負責人，創(chuàng)新團隊帶頭人。負責承擔國家自然科學基金國家“863”基金、“985”基金、北京大學211基金、衛(wèi)生部基金、教育部博士點和“新世紀人才”等多項基金。發(fā)表論文100多篇，綜述10多篇，專著10部。1996年被評為碩士研究生導(dǎo)師，1999年獲北京市醫(yī)務(wù)工作者，2003年獲北京市五、四青年稱號，被評為博士生導(dǎo)師。2005年被評為教育部“新世紀人才”。在2006年獲中華醫(yī)學科技獎二等獎，2008年衛(wèi)生部吳楊獎獲得者，2008年中國醫(yī)師獎獲得者。