1、關于產業(yè)政策的執(zhí)行
食品生產許可申請人應當遵守國家產業(yè)政策，執(zhí)行《關于發(fā)布實施<促進產業(yè)結構調整暫行規(guī)定>的決定》、《關于實行市場準入負面清單制度的意見》、國家發(fā)展改革委關于《產業(yè)結構調整指導目錄》有關規(guī)定以及質檢總局、國家發(fā)展改革委《關于工業(yè)產品生產許可工作中嚴格執(zhí)行國家產業(yè)政策有關問題的通知》。各省在產業(yè)政策執(zhí)行方面存在爭議的，報省級人民政府協(xié)調解決。
2、關于出口加工區(qū)內食品生產企業(yè)及僅以出口為目的食品生產企業(yè)取證問題。
根據(jù)《中華人民共和國食品法》、《出口加工區(qū)加工貿易管理暫行辦法》有關規(guī)定，出口加工區(qū)內食品生產企業(yè)無需申請辦理食品生產許可證。出口加工區(qū)外的食品生產企業(yè)僅為出口為目的，無需申請辦理食品生產許可證；如果食品生產企業(yè)所生產的食品在國內銷售，應當依法取得食品生產許可證。
3、關于農民專業(yè)合作經濟組織能否作為食品生產許可申請主體問題。
根據(jù)《農民專業(yè)合作管理社管理條例》，農民專業(yè)合作組織可以經登記機關依法登記，領取農民專業(yè)合作社法人營業(yè)執(zhí)照，取得法人資格。因此，農民專業(yè)合作組織可以作為食品生產許可申請主體，以營業(yè)執(zhí)照載明的主體名稱作為申請人的名稱。
4、關于許可分類目錄有關問題。
原食品生產許可審查細則未明確的食品品種且《食品生產許可分類目錄》中食品明細未包含的食品品種，監(jiān)管部門可以根據(jù)產品的產品屬性、工藝特點、生產要求等，按照相類似產品審查細則及相關食品標準制定審查方案，組織進行審查。
5、關于逾期未提出延續(xù)申請的許可。
《食品生產許可管理辦法》第三十四條規(guī)定：食品生產者需要延續(xù)依法取得的食品生產許可有效期的，應當在該食品生產許可有效期屆滿30個工作日前，向原發(fā)證的市場監(jiān)督管理部門提出申請。食品生產許可有效期屆滿前不足30日提出申請的，按重新申辦食品生產許可受理，有效期屆滿前無法做出許可決定的，企業(yè)應當在許可有效期屆滿后停止生產，待許可機關做出準予許可決定后方可恢復生產。重新辦理的食品生產許可證編號可沿用原許可證編號。食品生產許可證有效期屆滿后再提出申請，視為重新申辦食品生產許可。
